Задание 1. EMBOSS: пакет программ для анализа последовательностей
| Отчетная таблица | |||
|---|---|---|---|
| Задание (программа) | Скрипт | Входные файлы | Итоговые файлы |
| 1. seqret - Несколько файлов в формате .fasta собрать в единый файл. | seqret "\*_HUMAN.fasta" 3_HUMAN.fasta | CISY_HUMAN.fasta; HSP7C_HUMAN.fasta; PABP2_HUMAN.fasta | 3_HUMAN.fasta |
| 2. seqretsplit - Один файл .fasta разделить на несколько fasta-файлов. | seqretsplit 3_HUMAN.fasta | 3_HUMAN.fasta | cisy_human.fasta; hsp7c_human.fasta; pabp2_human.fasta |
| 3. seqret - Перевести выравнивание из fasta формата в формат .msf. | seqret panthera_align.fasta msf::panthera_align.msf | align.fasta | align.msf |
| 4. transeq - Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta-файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta-файле. | ["/transl_table=11" для Brucella canis]
transeq -table 11 cds.fasta trans_cds.fasta | cds.fasta | trans_cds.fasta |
| 5. cusp - Найти частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях. | cusp cds.fasta freq.cusp | cds.fasta | freq.cusp |
Задание 2. Сравнение геномов.
В этом задании необходимо было построить карту локального сходства двух бактерий и описать крупные эволюционные события на пути от общего предка.
Для сравнения геномов были выбраны две бактерии из одного рода: Mycobacterium tuberculosis и Mycobacterium avium.
В род Mycobacterium входят грамположительные, кислотоустойчивые, палочковидные аэробных бактерии. Данный род является единственным в семействе Mycobacteriaceae. Наличие у микобактерий миколовой кислоты делает их устойчивыми ко многим видам медикаментозного лечения.
Для построения локальной карты был использован blast2seq. Карта представлена на рисунке 1.
| Таблица 1. Характеристики выдачи blast для Mycobacterium tuberculosis и Mycobacterium avium | ||
| Query cover | Ident | E-value |
| 64% | 80% | 0.0 |
На карте локального сходства показаны выравнивания в виде непрерывных линий. Совпадения прямой цепи (plus strand) отображены линиями, идущими из левого нижнего в правый верхний угол, совпадения комплементарной цепи (minus strand) - из левого верхнего в правый нижний. Количество линий соответсвует количеству найденных BLAST выравниваний.
Крупные эволюционные события: