Визуализация CRISPR-ассоциированного белка Csn1 в JMol

В J(S)Mol апплете изображена структура CRISPR-ассоциированного белка Csn1 (PDB ID: 5F9R) в комплексе с двунитевой ДНК и однонитевой РНК.

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#	Имена атомов	Длина связи (A)	Угол N-O-C (°)
Альфа-спираль
1	N(184LEU) – O(180ASP)	3.80	148.46
2	N(185PHE) – O(181VAL)	2.87	162.09
3	N(186ILE) – O(182ASP)	2.86	157.26
4	N(187GLN) – O(183LYS)	2.98	160.22
5	N(188LEU) – O(184LEU)	2.89	143.27
6	N(189VAL) – O(185PHE)	2.82	151.87
7	N(190GLN) – O(186ILE)	2.93	147.77
8	N(191THR) – O(187GLN)	2.88	145.45
9	N(192TYR) – O(188LEU)	2.87	157.34
10	N(193ASN) – O(189VAL)	2.93	149.12
11	N(194GLN) – O(190GLN)	2.92	153.66
12	N(195LEU) – O(191THR)	2.90	147.82
13	N(196PHE) – O(192TYR)	3.25	137.29
Бета-тяжи
1	N(6SER) – O(21ILE)	2.95	150.39
2	N(8GLY) – O(19ALA)	2.92	147.10
3	N(10ASP) – O(17GLY)	2.89	140.35
4	N(12GLY) – O(15SER)	2.96	147.43
5	N(15SER) – O(12GLY)	3.02	113.41
6	N(17GLY) – O(10ASP)	2.84	116.25
7	N(19ALA) – O(8GLY)	2.95	158.03
8	N(21ILE) – O(6SER)	2.87	158.54
Таблица 1. Параметры водородных связей в α-спиралях и β-тяжах.

Скрипт

В таблице 1 приведены данные, полученные с помощью программы Jmol: атомы остатков, образующие водородную связь, длина водородной связи и величина угла N-O-C (атомов, окружающих и образующих водороную связь).
Средняя длина водородной свзяи в рассмотренной α-спирали - 2,99 ангстрема, средний угол - 150,89°; в β-тяжах - 2,93 ангстрема и 141,44°. Эти значения отличаются, но не слишком сильно, впрочем делать какие-либо выводы об общих закономерностях сложно, т. к. были рассмотрена только одна α-спираль, и только один β-тяж. Только три из рассмотренных связей превашают длину в 3 ангстрема, причем одна из них явно выбивается из общего ряда - ее длина 3,80 ангстрем, что почти на ангстрем больше, чем средняя длина.
По номерам остатков, образующих водородные связи, можно заметить, что в α-спиралях между любыми двумя остатками, образующие водородные связи, находятся 2 остатка (то есть с данным остатком может образовать связь остаток, находящийся в цепи через 2 от данного). Также можно заметить, что приведенный выше β-слой - антипараллельный.
Наибольшую прочность водородная связь имеет при значении угла N-O-C 180°, однако это значение не достигается ни в одной из рассмотренных водородных связей (максимальный угол - 162,09°). Скорее всего, образованию угла в 180° мешает общая конформация вторичной структуры и взаимодействие с соседними остатками.

НАЗАД ➜