Ссылки:
• 1HDD
• 2DLC
• 1hdd_old.out
• 2dlc_old.out
• Файл с обсчетом торсионных углов

  Strand I base α β γ δ ε ζ χ 1 C --- -174,0 43,6 82,9 -144,4 -72,3 -160,8 2 U -70,3 -175,9 50,2 83,3 -149,4 -68,7 -165,3 3 C -78,4 167,7 68,0 80,3 -150,1 -68,6 -163,8 4 U -67,7 168,0 58,7 80,9 -140,0 -91,7 -158,1 5 C -56,6 149,6 62,9 79,0 -152,4 -80,5 -162,2 6 G 117,6 -162,0 -151,6 92,2 -144,2 -71,4 -173,8 7 G -64,0 176,2 67,5 134,8 -110,6 -42,3 -140,1 8 G 58,5 167,7 36,2 83,3 -144,4 -70,8 -179,7 9 G -68,8 176,5 58,3 77,6 -141,3 -77,3 -168,3 10 G -65,3 160,0 66,5 77,8 -149,3 -71,2 -166,7 11 C -66,1 171,7 53,1 78,7 -141,0 -92,0 -159,8 12 G 105,8 -146,6 -138,7 96,8 -142,9 -68,2 -178,4 13 t -67,6 177,3 51,6 81,7 -143,0 -71,7 -164,9 14 P 168,9 -149,8 154,6 79,4 -122,6 -53,5 -167,6 15 U --- 129,7 64,6 82,3 -147,5 -71,5 -164,7 16 G -91,4 167,3 79,8 76,8 -154,3 -78,2 -164,9 17 A -70,2 165,1 65,9 82,2 -146,3 -58,1 -167,9 18 g -177,6 -159,0 63,2 88,0 -139,2 -75,3 -178,9 19 C -69,7 169,9 59,1 81,8 -149,0 -66,3 -166,8 20 C -76,4 -173,7 53,9 78,9 -153,8 -7,3 -165,9 21 A -145,2 105,4 164,9 95,0 -142,7 -87,8 -171,1 22 A -82,2 -177,0 56,6 79,3 -145,9 -56,3 -166,1 23 G -76,5 166,2 71,6 82,4 --- --- -159,0 24 G -62,2 162,8 36,9 139,6 --- --- -76,8	Strand II base α β γ δ ε ζ χ 1 G -60,6 166,5 59,4 82,2 -145,9 -61,7 -168,0 2 A -59,3 152,2 65,0 78,2 -151,8 -70,6 -170,0 3 G -61,4 171,0 50,5 79,8 -137,8 -80,3 -166,0 4 G -60,2 171,7 56,1 77,4 -144,7 -74,7 -172,2 5 G -65,6 168,3 55,4 73,3 -155,1 -74,8 -172,1 6 C -65,8 170,1 56,1 80,2 -145,0 -83,4 -162,2 7 C -62,2 175,2 46,9 81,7 -146,6 -76,2 -160,9 8 C -66,0 163,3 70,5 78,8 -145,8 -76,9 -171,1 9 C -66,3 167,6 52,2 78,8 -147,2 -72,3 -164,1 10 C -62,0 163,8 61,3 80,5 -144,8 -77,5 -158,3 11 G -72,6 -171,0 46,7 80,9 -142,5 -79,0 -167,4 12 C -84,9 -176,4 35,5 81,6 -154,6 -71,6 -169,4 13 a -66,2 -136,1 65,4 143,4 -110,2 179,6 -74,6 14 g --- 149,0 58,7 140,6 -86,7 -156,5 -105,5 15 A -135,1 -105,6 76,7 126,7 156,8 -85,3 -126,0 16 C -58,4 172,2 49,0 79,9 -172,1 -71,5 -164,7 17 g -70,5 166,6 63,3 81,2 -141,3 -70,9 -174,6 18 C -67,5 172,4 59,8 76,8 -139,7 -65,6 -166,4 19 G -61,3 163,1 47,9 75,5 -147,8 -69,3 -171,3 20 G 137,8 -144,8 -178,6 92,9 -116,0 -79,8 -178,5 21 A -8,1 157,5 24,5 73,8 -149,9 -78,2 -159,2 22 U -86,1 -145,9 53,5 81,6 -101,2 -146,2 -164,2 23 c -132,9 160,6 138,0 141,4 -148,6 69,9 -131,3 24 C -176,3 137,2 44,1 88,2 -146,5 -63,9 -157,3
  Таблица 1. Торсионные углы в tRNA
  Таблица 2. Обсчет торсионных углов "первой" цепи tRNA
  Таблица 3. Обсчет торсионных углов "второй" цепи tRNA

  Minor Groove Major Groove P-P Refined P-P Refined 1 CU/AG --- --- --- --- 2 UC/GA --- --- --- --- 3 CU/GG 16,6 --- 16,2 --- 4 UC/GG 16,7 15,3 17,4 14,0 5 CG/CG 17,5 15,6 17,8 14,2 6 GG/CC 17,6 15,7 17,6 15,1 7 GG/CC 16,5 14,9 18,7 17,0 8 GG/CC 16,3 14,9 17,7 17,1 9 GG/CC 16,7 15,7 15,2 12,4 10 GC/GC 16,8 15,8 15,5 12,5 11 CG/CG 16,3 --- 13,4 --- 12 Gt/aC --- --- --- --- 13 tP/ga --- --- --- --- 14 PU/Ag --- --- --- --- 15 UG/CA --- --- --- --- 16 GA/gC --- --- --- --- 17 Ag/Cg 17,0 --- 13,6 --- 18 gC/GC 16,5 14,7 12,8 12,7 19 CC/GG 16,6 15,0 14,6 9,8 20 CA/AG 16,7 --- 7,4 --- 21 AA/UA --- --- --- --- 22 AG/cU --- --- --- --- 23 GG/Cc --- --- --- ---

  Detailed H-bond information: atom-name pair and length [ O N] 1 C-----G [3] O2-N2 2,76 N3-N1 2,83 N4-O6 3,06 2 U-----A [2] N3-N1 2,73 O4-N6 2,92 3 C-----G [3] O2-N2 2,77 N3-N1 2,93 N4-O6 3,05 4 U-*---G [2] O2-N1 2,66 N3-O6 2,92 5 C-----G [3] O2-N2 2,85 N3-N1 2,80 N4-O6 2,64 6 G-----C [3] O6-N4 2,92 N1-N3 2,85 N2-O2 2,69 7 G-----C [3] O6-N4 3,57 N1-N3 3,21 N2-O2 2,75 8 G-----C [3] O6-N4 3,04 N1-N3 2,94 N2-O2 2,76 9 G-----C [3] O6-N4 2,77 N1-N3 2,76 N2-O2 2,65 10 G-----C [3] O6-N4 2,67 N1-N3 2,74 N2-O2 2,79 11 C-----G [3] O2-N2 2,66 N3-N1 2,97 N4-O6 3,21 12 G-----C [3] O6-N4 2,79 N1-N3 2,81 N2-O2 2,78 13 t-**--a [2] N3-N7 3,11 O2-N6 3,49 14 P-**+-g [2] O4*N1 2,81 O2'*O6 3,35 15 U-**--A [2] O2*N1 3,10 N3*N6 3,16 16 G-----C [3] O6-N4 3,41 N1-N3 3,10 N2-O2 3,02 17 A-**--g [2] N6-O6 3,02 N1-N1 3,04 18 g-----C [3] O6-N4 3,20 N1-N3 3,03 N2-O2 2,75 19 C-----G [3] O2-N2 2,82 N3-N1 3,20 N4-O6 3,48 20 C-----G [3] O2-N2 2,72 N3-N1 3,01 N4-O6 3,23 21 A-**--A [1] O2'-N6 2,95 22 A-**--U [3] OP2*O4 3,40 N7-N3 3,19 N6-O2 2,87 23 G-**+-c [2] N1-O2 2,86 N2-N3 2,79 24 G-----C [2] N1-N3 3,27 N2-O2 3,12

  Таблица 4. Ширина малой и большой бороздок tRNA

  Таблица 5, Подробная информация о H-связях

  Strand I -DNA base α β γ δ ε ζ χ 1 T -84,6 -164,6 60,4 117,3 -170,7 -89,7 -122,3 2 T -80,4 176,3 61,3 160,8 -156,2 -174,9 -110,5 3 T -16,8 133,1 29,0 156,1 -52,3 141,5 -104,6 4 G -32,2 123,5 -21,6 142,9 -168,8 -132,4 -86,6 5 C -75,8 142,1 100,4 110,6 -125,6 -111,9 -150,7 6 C -55,9 105,4 99,7 83,2 -142,0 -116,9 -159,0 7 A -25,6 141,5 43,6 138,1 -147,9 -116,5 -93,3 8 T -48,3 145,0 56,1 101,0 -173,2 -92,3 -142,8 9 G -51,3 -144,9 19,8 143,4 81,6 11,6 -88,2 10 T -155,8 -150,5 71,4 148,5 -102,9 165,1 -93,9 11 A -53,3 136,1 30,3 145,5 -169,7 -121,6 -97,4 12 A -23,7 177,1 4,5 171,8 -164,8 -143,7 -95,7 13 T -29,0 179,1 17,5 160,3 -141,0 -158,1 -83,5 14 T -36,2 133,6 36,3 110,1 -159,1 -131,0 -127,3 15 A -13,9 152,6 11,5 154,9 -152,8 -135,2 -84,3 16 C -52,4 155,7 39,3 109,4 161,6 -81,8 -117,8 17 C -69,2 -178,2 45,9 79,1 178,0 -56,3 -158,7 18 T -100,5 -161,7 90,3 139,2 -169,5 -90,6 -109,8 19 A -63,8 -173,0 22,3 99,7 146,5 -95,4 -106,2 20 A 147,1 -133,1 -174,4 153,2 --- --- -133,1	Strand II base α β γ δ ε ζ χ 1 A -68,4 177,6 52,1 147,7 --- --- -105,4 2 A -74,7 -176,3 53,8 140,7 -171,1 -128,9 -92,2 3 A 44,0 164,2 -50,8 158,7 164,5 -81,4 -86,7 4 C -64,1 -163,0 40,0 142,7 169,8 -108,5 -94,9 5 G 0,8 124,3 13,0 155,0 -156,1 -129,5 -105,0 6 G -66,3 -174,0 42,5 156,0 -157,6 -169,1 -98,3 7 T -63,8 -176,7 50,1 101,9 -167,8 -103,4 -120,2 8 A 0,2 80,3 34,3 119,4 168,8 -80,4 -94,3 9 C -42,7 173,3 19,4 150,4 -94,9 126,3 -65,6 10 A -57,5 169,6 33,2 159,7 -162,2 -128,7 -85,1 11 T 2,1 143,6 17,1 164,5 -139,7 -142,8 -88,4 12 T -77,8 140,3 100,0 86,2 -154,6 -113,5 -151,5 13 A -53,3 170,3 34,6 131,3 -169,5 -97,5 -121,8 14 A -100,8 -168,3 55,4 153,1 -155,5 -126,5 -109,9 15 T -93,7 -157,8 79,3 115,9 172,0 -56,2 -139,6 16 G -58,1 164,0 26,2 103,2 166,4 -72,3 -143,9 17 G -62,1 151,4 34,0 159,5 -141,8 -164,6 -84,8 18 A -31,9 157,0 18,7 159,5 -131,0 -148,0 -86,9 19 T -25,7 160,3 15,4 142,5 -148,3 -147,8 -92,5 20 T -75,6 -156,0 47,8 154,3 -157,6 -137,0 -100,1
  Таблица 6. Торсионные углы DNA
  Таблица 7. Обсчет торсионных углов первой цепи DNA
  Таблица 8. Обсчет торсионных углов второй цепи DNA
  step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum 1 CU/AG 0,00 0,00 0,54 1,84 2,37 2 UC/GA 0,70 0,00 0,00 4,10 4,80 3 CU/GG 3,25 0,00 0,00 3,88 7,13 4 UC/GG 0,30 0,00 0,21 2,07 2,58 5 CG/CG 0,02 0,00 4,74 0,00 4,76 6 GG/CC 3,33 0,00 0,18 0,17 3,69 7 GG/CC 1,99 0,00 0,99 0,00 2,98 8 GG/CC 2,69 0,00 0,74 0,16 3,59 9 GG/CC 3,83 0,00 0,18 0,58 4,59 10 GC/GC 6,99 0,00 0,00 5,96 12,95 11 CG/CG 0,00 0,00 4,73 0,00 4,73 12 Gt/aC 7,94 0,00 0,00 3,98 11,92 13 tP/ga 5,54 0,00 0,00 8,47 14,01 14 PU/Ag 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 15 UG/CA 0,03 0,00 3,13 0,00 3,16 16 GA/gC 1,49 0,00 0,00 3,72 5,21 17 Ag/Cg 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 18 gC/GC 5,56 0,00 0,00 6,09 11,66 19 CC/GG 0,00 0,00 0,98 2,71 3,69 20 CA/AG 2,37 0,00 0,00 2,84 5,20 21 AA/UA 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 22 AG/cU 2,74 0,00 0,01 0,00 2,75 23 GG/Cc 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00
  Таблица 9. Перекрывания нуклеотидов

  DNA-A Strand I base α β γ δ ε ζ χ 1 G --- 174,8 41,7 79,0 -147,8 -75,1 -157,2 2 A -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 3 T -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 4 C -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 5 G -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 6 A -51,7 174,8 41,7 79,0 -147,8 -75,1 -157,2 7 T -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 8 C -51,7 174,8 41,7 79,0 -147,8 -75,0 -157,2 9 G -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 10 A -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 11 T -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 12 C -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,7 -75,1 -157,2 13 G -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 14 A -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 15 T -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 16 C -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 17 G -51,7 174,8 41,7 79,0 -147,8 -75,1 -157,2 18 A -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 19 T -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 20 C -51,7 174,8 41,7 79,1 --- --- -157,2	Strand II base α β γ δ ε ζ χ 1 C -51,7 174,8 41,7 79,0 --- --- -157,2 2 T -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 3 A -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 4 G -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 5 C -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 6 T -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 7 A -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 8 G -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 9 C -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 10 T -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 11 A -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 12 G -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 13 C -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 14 T -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 15 A -51,7 174,8 41,7 79,0 -147,8 -75,1 -157,2 16 G -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,7 -75,1 -157,2 17 C -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 18 T -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 19 A -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2 20 G --- 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2
  Таблица 10. Торсионные углы A-формы ДНК
  DNA-B Strand I base α β γ δ ε ζ χ 1 G --- 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 2 A -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 3 T -29,9 136,3 31,1 143,3 -140,8 -160,5 -97,9 4 C -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 5 G -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 6 A -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 7 T -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 8 C -29,9 136,3 31,1 143,3 -140,8 -160,5 -97,9 9 G -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 10 A -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 11 T -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 12 C -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 13 G -29,9 136,3 31,1 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 14 A -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 15 T -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 16 C -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 17 G -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 18 A -29,9 136,3 31,1 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 19 T -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 20 C -29,9 136,3 31,2 143,3 --- --- -98,0	Strand II base α β γ δ ε ζ χ 1 C -29,9 136,4 31,1 143,4 --- --- -98,0 2 T -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 3 A -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 4 G -29,9 136,3 31,1 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 5 C -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 6 T -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 7 A -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 8 G -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 9 C -29,9 136,3 31,1 143,3 -140,8 -160,5 -97,9 10 T -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 11 A -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 12 G -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 13 C -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 14 T -29,9 136,3 31,1 143,3 -140,8 -160,5 -97,9 15 A -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 16 G -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 17 C -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 18 T -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98,0 19 A -29,9 136,3 31,1 143,3 -140,8 -160,5 -98,0 20 G --- 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0
  Таблица 11. Торсионные углы В-формы ДНК
  DNA-Z Strand I base α β γ δ ε ζ χ 1 G --- 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 2 C -139,5 -136,7 50,9 137,6 -96,5 81,9 -154,3 3 G 52,0 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 4 C -139,5 -136,8 50,8 137,6 -96,5 82,0 -154,3 5 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 6 C -139,5 -136,8 50,9 137,6 -96,5 82,0 -154,3 7 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 8 C -139,5 -136,7 50,9 137,6 -96,5 81,9 -154,3 9 G 52,0 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 10 C -139,5 -136,8 50,8 137,6 -96,5 82,0 -154,3 11 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 12 C -139,5 -136,8 50,9 137,6 -96,5 82,0 -154,3 13 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 14 C -139,5 -136,7 50,9 137,6 -96,5 81,9 -154,3 15 G 52,0 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 16 C -139,5 -136,8 50,8 137,6 -96,5 82,0 -154,3 17 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 18 C -139,5 -136,8 50,9 137,6 -96,5 82,0 -154,3 19 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 20 C -139,5 -136,7 50,9 137,6 --- --- -154,3	Strand II base α β γ δ ε ζ χ 1 C -139,5 -136,7 50,9 137,6 --- --- -154,3 2 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 3 C -139,5 -136,8 50,9 137,6 -96,5 82,0 -154,3 4 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 5 C -139,5 -136,8 50,8 137,6 -96,5 82,0 -154,3 6 G 52,0 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 7 C -139,5 -136,7 50,9 137,6 -96,5 81,9 -154,3 8 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 9 C -139,5 -136,8 50,9 137,6 -96,5 82,0 -154,3 10 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 11 C -139,5 -136,8 50,8 137,6 -96,5 82,0 -154,3 12 G 52,0 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 13 C -139,5 -136,7 50,9 137,6 -96,5 81,9 -154,3 14 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 15 C -139,5 -136,8 50,9 137,6 -96,5 82,0 -154,3 16 G 51,9 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 17 C -139,5 -136,8 50,8 137,6 -96,5 82,0 -154,3 18 G 52,0 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7 19 C -139,5 -136,7 50,9 137,6 -96,5 81,9 -154,3 20 G --- 179,0 -173,8 94,9 -103,6 -64,8 58,7
  Таблица 12. Торсионные углы Z-формы ДНК

  
  

  ---

  НАЗАД ➜

  © <Рюмина Екатерина>, 2017