Нуклеотидные базы данных

Задание 1. Сборка генома эукариотического организма

Рисунок 1. Acanthamoeba healyi

В первом задании требовалось охарактеризовать сборку выбранного организма: в моем случае - Acanthamoeba healyi (см рис.1 - источник: [0]). Это эукариот из группы Amoebozoa (полную систематику можно посмотреть по ссылке [1]), может становиться причиной гранулематозного амебного энцефалита в человеке ([2]). Некоторые параметры, характеризующие сборку приведены ниже - в таблице 1.

число сборок генома	1
число проектов по секвенированию организма и число образцов	1 проект, 1 образец
описание образца	BIOSAMPLE ID: SAMEA3111749 (описание отсутствует)
описание проекта	BIOPROJECT: PRJEB7687. Цель проекта - выяснение филогении акантамеб.
число контигов/скэффолдов сборки	28,326/26,188
ссылка на таблицу контигов/скэффолдов	таблица
N50 и L50	7,871 и 2,434
самый длинный и самый короткий контиг	64 и 120,464 b. p.
ссылка на последовательность одного из контигов	ссылка

Таблица 1. Характеристика сборки

Задание 2. Описание различных ключей

В этом задании надо было описать смысл и привести пример использования семи различных ключей. Данные я брала со страницы INSDC [3], результат можно также посмотреть в таблице 2.

Ключ	Что обозначает	Пример
mobile_element	Область генома, содержащая мобильный элемент.
polyA_site	Сайт на РНК-транскрипте, к которому будут добавлены аденины в ходе посттранскрипционного полиаденилирования, у эукариот и вирусов эукариот.
S_region	Переключающая последовательность тяжелой цепи иммуноглобулина. Вовлечена в перестраивание последовательности (изменение на другие С-гены) тяжелой цепи ДНК, приводящее к синтезу другого класса иммуноглобулинов.
stem_loop	Шпилька - двойную спираль из одной цепи ДНК или РНК.
sig_peptide	Сигнальный пептид: N-концевой домен секретируемых белков, который участвует во взаимодействии белка с мембранами.
V_segment	Вариабельная часть легкой или тяжелой цепи иммуноглобулинов, а также альфа, бета и гамма цепи Т-клеточных рецепторов.
3'UTR	Обозначает либо нетранслируемый участок на 3'-конце зрелого транскрипта (после стоп-кодона), либо нетранслируемый участок на 3'-конце вирусной РНК (после последнего стоп-кодона).

Таблица 2. Описание ключей

Задание 3. Описание состояния геномного проекта.

Выбранный мной проект - The NBRC Whole Genome Shotgun Project (NBRC - The National Board for Respiratory Care). Его цель - получить референсные геномы штаммов, содержащихся в коллекции NBRC, для идентификации полезных для таксономии генов, для оценки опасности штамма, индустриального применения, а также для понимания структуры и эволюционирования данных геномов. Проект начался в 2012 году, к настоящему моменту опубликовано 490 геномов. Данные они публикуют в разных базах данных (например в DDBJ и в GenBank, впрочем, записи дублируют друг друга).

У проекта есть собственная страница ([4]), на сайте института, выполяющего этот проект: National Institute of Technology and Evaluation Biological Resource Center (Япония), однако он давно не обновлялся, поэтому я использовала поиск в базе данных BioProject, чтобы узнать последние обновления. Поиск осуществлялся по строчке из описания проекта.

Задание 4. Поиск митохондриальных генов организма

В этом задании надо было правильно составить запрос, чтобы найти записи, соответствующие полному митохондримальному геному выбранного организма - Saccharomyces eubayanus strain FM1318, а затем состаивть таблицу митохондриальных генов.

Для составления запроса я использовала обозначения из таблицы с NCBI. Получившийся запрос: (complete genome[TI] OR complete sequence[TI] ) AND mitochondrion[FILT] AND (srcdb_genbank[PROP] OR srcdb_refseq[PROP]) Saccharomyces eubayanus[ORGN] - я не писала штамм в организме, поскольку других там не было. Информация о генах, представленная в таблице 3, была получена при переходе по ссылке Gene в разделе Related information (ссылка на сам геном2).

tax_id	Org_name	GeneID	Status	Aliases		description	other_designations	chromosome
1080349	Saccharomyces eubayanus	28934775	live	DI49_5639	DI49_5639	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0130	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0130\|OLI1-like protein	MT
1080349	Saccharomyces eubayanus	28934776	live	DI49_5640	DI49_5640	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0140	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0140\|VAR1-like protein	MT
1080349	Saccharomyces eubayanus	28934797	live	DI49_5661	DI49_5661	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0250	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0250\|COX2-like protein	MT
1080349	Saccharomyces eubayanus	28934801	live	DI49_5665	DI49_5665	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0275	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0275\|COX3-like protein	MT
1080349	Saccharomyces eubayanus	28934803	live	DI49_5667	DI49_5667	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0105	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0105\|COB-like protein	MT
1080349	Saccharomyces eubayanus	28934807	live	DI49_5671	DI49_5671	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0110	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0110\|BI2-like protein	MT
1080349	Saccharomyces eubayanus	28934808	live	DI49_5672	DI49_5672	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0045	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0045\|COX1-like protein	MT
1080349	Saccharomyces eubayanus	28934809	live	DI49_5673	DI49_5673	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0080	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0080\|ATP8-like protein	MT
1080349	Saccharomyces eubayanus	28934810	live	DI49_5674	DI49_5674	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0085	saccharomyces cerevisiae ortholog: Q0085\|ATP6-like protein	MT

Таблица 3. Митохондриальные гены

[0] - fbpba.org.ar FABA Inforna | FBA | Proeco
[1] - NCBI, Taxonomy Browser
[2] - Emerging protozoal pathogens in India: How prepared are we to face the threat? Subhash Chandra Parija and Sidhartha Giri, Trop Parasitol. 2012 Jan-Jun; 2(1): 13–19, doi: 10.4103/2229-5070.97233
[3] - The DDBJ/ENA/GenBank Feature Table Definition, использовался пункт 7.2 Appendix II: Feature keys reference
[4] - Genome Projects : Whole Genome Shotgun (WGS)2

НАЗАД ➜