Emboss

Задание 1. Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл

• исходные данные: AAC74885.2.fasta, AAC74886.1.fasta, AAC74887.1.fasta, AAC74888.1.fasta, AAC74889.2.fasta, AAC74890.1.fasta, AAC74891.2.fasta, AAC74892.1.fasta, AAC74893.1.fasta,
• команда:

   | seqret
                      Read and write (return) sequences
                      Input (gapped) sequence(s): to_join/*.fasta
                      output sequence(s) [3_cds_aac74885.fasta]: 1.fasta    

• выходной файл: 1.fasta

Задание 2. Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы

• исходный файл: 1.fasta
• команда:

   | seqretsplit 1.fasta
  Read sequences and write them to individual files
  output sequence(s) [3_cds_aac74885.fasta]: 

• выходные файлы: u00096.3_cds_aac74885.2_1806.fasta, u00096.3_cds_aac74886.1_1807.fasta, u00096.3_cds_aac74887.1_1808.fasta, u00096.3_cds_aac74888.1_1809.fasta, u00096.3_cds_aac74889.2_1810.fasta, u00096.3_cds_aac74890.1_1811.fasta, u00096.3_cds_aac74891.2_1812.fasta, u00096.3_cds_aac74892.1_1813.fasta, u00096.3_cds_aac74893.1_1814.fasta

Задание 3. Из файла с хромосомой в формате .gb вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле

• исходный файл: list31.txt
• команда:

  | seqret @list31.txt 31.fasta

• выходной файл: 31.fasta

Задание 4. Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле.

• исходный файл: 31.fasta
• команда:

  | transeq 31.fasta -table 11 4.fasta

• выходной файл: 4.fasta

Задание 5. Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках.

• исходный файл: coding.fasta
• команда:

  | transeq coding.fasta -frame=6 5.fasta

• выходной файл: 5.fasta

Задание 6. Перевести выравнивание и из fasta формате в формат .msf

• исходный файл: cs2.fasta
• команда:

  | seqret cs2.fasta msf::cs2.msf

• выходной файл: cs2.msf

Задание 7. Выдать в выходной поток число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными (на выходе только имя последовательности и число)

• исходный файл: align1.fasta
• команда:

  | infoalign align1.fasta -refseq 2 -only -name -idcount 7.fasta

• выходной файл: 7.fasta

Задание 8. Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff

• исходный файл: sequence.gb
• команда:

  | featcopy sequence.gb gff::8.gff

• выходной файл: 8.gff

Задание 9. Из данного файла с хромосомой в формате .gb получить fasta файл с кодирующими последовательностями; добавить в описание каждой последовательности функцию белка (из поля product)

• исходный файл: sequence.gb
• команда:

  | extractfeat sequence.gb -type CDS -describe product 9.fasta

• выходной файл: 9.fasta

Задание 10. Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности.

• исходный файл: coding.fasta
• команда:

  | shuffleseq coding.fasta 10.fasta

• выходной файл: 10.fasta

Задание 13. Найдите частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях

• исходный файл: 31.fasta
• команда:

  | cusp 31.fasta 13.txt

• выходной файл: 13.txt

Задание 16.Постройте локальное множественное выравнивание трех нуклеотидных последовательностей

• исходный файл: list16.txt
• команда:

  |  edialign @list16.txt 16.edialign 16.fasta 

• выходные файлы: 16.edialign, 16.fasta

Задание 17. Удалите символы гэпов и другие посторонние символы из последовательности.

• исходный файл: align1.fasta
• команда:

  | degapseq align1.fasta 17.fasta 

• выходной файл: 17.fasta

Задание 18. Переведите символы конца строки в формат unix

• исходный файл: list3.txt
• команда:

  | noreturn list3.txt 18.txt

• выходной файл: 18.txt

Задание 19. Создайте три случайных нуклеотидных последовательностей длины сто

• команда:

  | makenucseq -amount 3 -length 100 19.fasta

• выходной файл: 19.fasta

Задание 20. Файл с ридами sra_data.fastq в формате fastq перевести в формат fasta.

• исходный файл: sra_data.fastq
• команда:

  | seqret sra_data.fastq fasta::20.fasta

• выходной файл: 20.fasta

НАЗАД ➜

© <Рюмина Екатерина>, 2017