Геномное окружение. База данных GO
1. Получение информации о КОГе, к которому относится мой белок
Задания выполнялись для белка из первого семестра - CRISPR-ассоциированного белка Csn1. Сначала последовательность белка в формате fasta была загружена в сервис CDD (Conserved Domain Database). В результатах поиска в разделе хитов был найден AC КОГа этого белка, он был найден в последнем релизе базы данных COG.
- Полученная информация:
- Идентификатор КОГа - COG3513.
- Величина e-value для отнесения данного белка к данному КОГу - 7.65e-40
- С какого по какой остаток белка в нем обнаруживается КОГ - 12-872; сколько всего в белке остатков - 1269;
- Название КОГа: CRISPR/Cas system Type II associated protein, contains McrA/HNH and RuvC-like nuclease domains (белок, ассоциированный с CRISPR/Cas-системой второго типа, содержащий McrA/HNH и RuvC-подобный нуклеазные домены);
- Функциональная категория - Defense mechanisms (защитные механизмы)
2. Визуализация геномного окружения
С помощьюе COGNAT было получено изображение геномного окружения для обнаруженного КОГа. На рис. 1 представлен фрагмент выдачи программы, на рис. 2 фрагмент сохраненных данных - начало и конец списка находок, а также обозначения цветов (ген, отнесенный к выбранному КОГу - фиолетовый, часто встречающееся геномное окружение - голубое и сиреневое). Параметры запуска COGNAT: Neighborhood Size - 9, Occurrence Threshold (%) - 20, Taxonomy - нет. Каждая стрелочка - ген (показано 9 в каждой находке - в соответствии с Neighborhood Size). Геномные окружения отсортированы в соответствии с множественным выравниванием выбранного КОГа
Рис. 1. Находки
Рис. 2. Находки (сохраненные данные)
Отнесение CRISPR-ассоциированного белка Csn1 из бактерии Mycoplasma gallisepticum S6 к терминам GO
С помощью BLAST сервиса AmiGO был найден белок CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 (это тот же белок) из Streptococcus pyogenes serotype M1, p-value находки 7.4e-12 (это и была самая лучшая находка). В таблице 1 приведены некоторые сведения об этом белке, в таблице 2 - расшифровка и объяснение кодов достоверности из таблицы 1..
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
|---|---|---|---|---|
| Биологический процесс (Biological process) | GO:0043571 | maintenance of CRISPR repeat elements | поддержание стабильности элементов CRISPR-повторов | IDA |
| Компонент клетки (Сellular component) | - | - | - | - |
| Молекулярная функция (Molecular function) | GO:0008408 GO:0003677 GO:0004520 | 3'-5' exonuclease activity DNA binding Endodeoxyribonuclease activity | 3'-5' эндонуклеазная активность Связывание с ДНК Эндодезоксирибонуклеазная активность | IDA IDA IDA |
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q99ZW2 (CAS9_STRP1)
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение |
|---|---|---|
| IDA | Inferred from Direct Assay | указывает на то, что был проведен диохимический или биологический анализ для подтверждения анотации продукта гена: молекулярной функции, роли в биологическом процессе или внутриклеточной локации. |
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
