Поиск сайта связывания транскрипционного фактора, регулирующего синтез пуринов у Haemophilus influenzae с помощью программы MEME.
Выбранный штамм - HAEN (Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd)). Для него существует 16 аннотированных (Reviewed) записей с ключевым словом "Purine biosynthesis" в Uniprot.
Мной было выбрано 9 белков (см. таблицу 1). Их гены с необходимыми для дальнейшей работы координатами были найдены в полном геноме выбранной бактерии в ENA/EMBL (АС записи EMBL, описывающей геном бактерии: L42023).
| Штамм (его мнемоника) | ID белка | мнемоника белка | Название белка | Название гена | Координаты гена |
|---|---|---|---|---|---|
| Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) HAEIN | P45283 | PURA_HAEIN | Adenylosuccinate synthetase | purA HI_1633 | 1695071..1696369 |
| P43847 | PUR4_HAEIN | Phosphoribosylformylglycinamidine synthase | purL HI_0752 | 812967..816929 | |
| P44334 | IMDH_HAEIN | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | guaB HI_0221 | 248948..250414 | |
| P44313 | FOLD_HAEIN | Bifunctional protein FolD | folD HI_0609 | complement(640075..640923) | |
| P43854 | PUR1_HAEIN | Amidophosphoribosyltransferase | purF HI_1207 | 1273386..1274903 | |
| P43850 | PURK_HAEIN | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase | purK HI_1616 | 1683529..1684617 | |
| P44335 | GUAA_HAEIN | GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] | guaA HI_0222 | 251125..252696 | |
| P43845 | PUR2_HAEIN | Phosphoribosylamine--glycine ligase | purD HI_0888 | 941550..942839 | |
| P44797 | PUR8_HAEIN | Adenylosuccinate lyase | purB HI_0639 | 680324..681694 |
Таблица 1. Отобранные белки
Далее с помощью команды descseq были вырезаны upstream-элементы каждого гена (100 нуклеотидов с 5' конца гена. В случае комплементарной цепи использовался параметр -srev и соответствующие координаты - конец гена + 100). Полученный файл: upstreams.fasta
После чего данные были использованы программой ememe:
| ememe upstreams.fasta -nmotifs 3 -revcompРезультат: meme.html. Ниже представлены мотивы в формате LOGO (рис. 1-3), а также их запись в виде регулярных выражений.
 Рис. 1. Мотив 1 (найден в 7 последовательностях) CC[GC]C[AT][CT]TTT |  Рис. 2. Мотив 2 (найден в 6 последовательностях) C[AC]A[CA]CGCT[TA]A[AC] |  Рис. 3. Мотив 3 (найден в 2 последовательностях) AGAG[AG]GGG |
Все три мотива имеют e-value < 0,00001 во всех находках, что является весьма хорошим показателем, однако все мотивы разбросаны по разным местам upstreams (см. MEME: Combined block diagrams: non-overlapping sites with p-value < 0.0001) имеют не слишком большую, хотя и приличную, длину. Upstream, в котором присутствовали бы все три мотива, только один - PUR4_HAEIN. По два мотива найдено в пяти генах (GUAA_HAEIN, PUR1_HAEIN, PUR2_HAEIN, FOLD_HAEIN, PURA_HAEIN). В гене IMDH_HAEIN не найден ни один из трех мотивов.
