PSI-BLAST

С помощью PSI-BLAST и поиска по банку Swiss-Prot было составлено семейство гомологов для белка P17265 (RecName: Full=Ribosome hibernation promotion factor; Short=HPF). Результат представлен в таблице 1.

Номер итерации Число находок выше порога (0,005) Идентификатор худшей находки выше порога E-value этой находки Идентификатор лучшей находки ниже порога E-value этой находки
1 17 P0A147.1 7e-04 P26983.1 0.027
2 27 P33987.1 1e-08 P9WMA8.1 0.015
3 28 P9WMA8.1 0.002 Q6P9R4.2 0.028
4 28 P24694.1 3e-18 P27321.3 0.22
528P24694.12e-18P27321.30.19

Таблица 1. Семейство гомологичных белков (PSI-BLAST)

Уже на четвертой итерации список находок выше порога не поменялся по сравнению с предыдущей итерацией, что говорит о том, что это семейство четко обособлено. Также для оценки качества семейства ниже приведены названия (функции) полученных 28 белков:

  • Ribosome hibernation promotion factor; Short=HPF - 24 белка
  • Ribosome-associated factor Y; Short=pY - 2 белка
  • Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic; Short=CS5; - 1 белок
  • Dormancy associated translation inhibitor; Short=DATIN - 1 белок

Видно, что подавляющее число белков имеют ту же функцию (Ribosome hibernation promotion factor), что и выбранный изначально белок, остальные же либо тоже связаны с рибосомой (либо непосредственно, либо функциоонально).

Помимо этого ступенька между худшей "правильной" находкой и "лучшей" неправильной весьма значительна, что так же свидетельствует в пользу того, что это действительно семейство гомологичных белков.

Prosite

Цель: уточнить паттерн семейств белков из практикума 2 так, чтобы он описывал не все белки данного семейства, а только белки протеобактерий. Паттерн искался с помощью сканирования белка RS2_ECOLI. Было найдена 2 паттерна, далее расматривался первый из них: RIBOSOMAL_S2_1, PS00962; Ribosomal protein S2 signature 1 (PATTERN). Последовательность данного паттерна: MrDMLKAGVHFG. По выравниванию из практикума 2 (Muscle with Default) были добавлены 2 консервативные колонки: MrDMLKAGVHFGHQT (см. рис. - до и после добавления).


Рисунок 1. Результаты поиска Prosite
Рисунок 2. Паттерн в выравнивании

Рисунок 3. Более строгий паттерн
Далее были найдены все соответствия паттерну в банке Swiss-Prot и сохранены в формате Matchlist. получившийся пиисок был сравнен со списком всех представителей данного семейства белков из Proteobacteria, имеющихся в Swiss-Prot (Entry Name [ID] - RS2_*, Taxonomy [OC] - Proteobacteria). С помощью Python (TP_FP_FN.py) были высчитаны следующие величины: TP (True positives, число истинных находок - размер пересечения списков), FP (False positives, число ложных находок - число тех белков, которые нашлись паттерном, но не входят в список Uniprot) и NF(False negatives, число ненайденных паттерном находок):
  • TP = 76
  • FP = 1 (P34831)
  • NF = 328


НАЗАД ➜
© <Рюмина Екатерина>, 2018