Визуализация молекул в JMol

Вернуться на страницу семестра

4UIQ это белок класса транфераз, выделенный из Bordetella pertussis. Он является глобином и содержит гем. [1] Глобины содержат цепочку из 8 альфа-спиралей, самые известные представители - гемоглобин, миоглобин. [2]

Ссылка на скрипт

Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре белков 4UIQ (Bordetella holmesii H558) и 4DFE (Streptomyces avermitilis)

#	Имена атомов	Длина связи (A)	Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1	N(143ALA)- O(139CYS)	2,93	158,1
2	N(144ASP)- O(140ARG)	2,9	157,1
3	N(146TRH)- O(142VAL)	2,94	153,4
Бета-тяжи
1	N(143ALA)- O(139CYS)	2,93	146,1
2	N(22VAL)- O(52ARG)	2,76	175,8
3	N(54PHE)- O(20ASN)	3,22	160,9

Исходя из данных таблицы, можно предположить структурные отличия альфа-спиралей и бета-тяжей в белке. Мы видим, что разброс данных в альфа-спирали совсем небольшой, в отличие от данных бета-тяжей. Средняя длина связи - 2,923 А. Среднее отклонение в длине связи 0,0156. Средний угол - 156,2 градуса. Отклонение - 1,87. Проведём те же расчёты для бета-тяжей. Средняя длина связи - 2,97 А. Среднее отклонение в длине связи 0,167. Средний угол - 160,93 градуса. Отклонение - 9,91. Из этого можно предположить, что альфа-спирали более устойчивые, чем бета-тяжи. В них водородные связи образуют крепкие, менее подвижные структуры.

Источники
[1] 4UIQ, Protein data bank
[2] Глобины, Wikipedia