Мотивы в белках. PSSM и паттерны. PSI-BLAST. Банк Prosite |
Вернуться на страницу семестра
1. PSI-BLAST
Цель задания: Для последовательности белка P19954 составить семейство гомологов, пользуясь PSI-BLAST
В PSI-BLAST были проведены 5 итераций по белку AC P19954 (Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic).
Это рибосом-связывающий фактор в хлоропластах, участвующий в регулировании синтеза белка в зависимости от света и температуры.
Взаимодействует с 16S-sRNA на A-сайте и P-сайте, где он защищает центр декодирования и ингибирует трансляцию путем предотвращения связывания с тРНК.
Таблица 1. Результаты поиска PSI-BLAST
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 16 | P30334.1 | 0.004 | P0AD51.2 | 0.062 |
| 2 | 28 | A8MIN1.1 | 0.005 | Q0C0T0.1 | 0.026 |
| 3 | 202 | A8ZZJ0.1 | 6e-005 | Q86UX2.2 | 0.089 |
| 4 | 303 | P9WMA8.1 | 3e-004 | Q97ES0.1 | 0.13 |
| 5 | 303 | P24694.1 | 1e-010 | B2RHG5.1 | 0.23 |
В последней итерации E-value худшей и лучшей находки различаются на 8 порядков, следовательно, найденное семейство довольно достоверное.
2. Prosite
Цель задания: уточнить паттерн одного из семейств белков так, чтобы он описывал не все белки данного семейства, а только белки протеобактерий
Для работы с базой данных паттернов были выбраны бактерии из практикума 2. В банке Prosite была найдена страница Ribosomal protein L1.
Паттерн - [IMGV]-x(2)-[LIVA]-x(2,3)-[LIVMY]-[GAS]-x(2)-[LMSF]-[GSNH]-[PTKR]-[KRAVG]-[GN]-x-[LIMF]-P-[DENSTKQPRAGVI].
В выравнивании я нашла данный паттерн, он приведён на рисунке 1. Если его уточнить для данных протеобактерий, получится: V-G-[RQ]-L-G-x(2)-L-G-P-R-G-L-M-P-N.
Рис. 1. Паттерн RL1, найденный в выравнивании
Находок в ScanProsite по паттерну 215 штук.
Поиск "правильного списка" в Uniprot по mnemonic:rl1_* taxonomy:proteobacteria (в работе 1 использовались белки RL1). Находок 427. Средствами Python найдено пересечение этих множеств. Сравним находки:
Таблица 2. Сравнение находок
| В правильном списке | 427 |
| В предполагаемом списке | 215 |
| В обоих списках (True positives) | 185 |
| Только в правильном списке (False negatives) | 242 |
| Только в предполагаемом списке (False positives) | 30 |
Вывод: уточнение паттерна было слишком сильным, что позволило уменьшить число неверных находок - всего 30. Но при это не нашлось очень много правильных белков - 242 - больше половины.
Источники
|
