Умение: изображать и анализировать электронную плотность (ЭП) для PDB файла

Вернуться на страницу семестра

Белок для анализа - 6OM5

PDB ID: 6OM5
Это структура гемофора из Haemophilus haemolyticus
Разрешение: 1.6 A
Метод: РСА
Ссылка на белок
Статья на PubMed: 31742788

Рисунок 1. Вторичная структура белка

Рисунок 2. Структура остова белка

Электронная плотность вокруг остова с разными уровнями подрезки

При визуализации используются не физические единицы измерения — "заряд/кубический ангстрем", а статистические — превышение Z сигнала над шумом. Для вычисления Z рассчитывается среднее значение ЭП по ячейке кристалла M и среднее квадратичное отклонение σ. Для каждой точки вычисляется Z = (R – M)/σ. Здесь R — значение ЭП в данной точке пространства (x,y,z) в физических единицах, Z — значение ЭП "в сигмах" в той же точке.
Уровень подрезки - это и есть Z. Рассматрим разные уровни подрезки. При увеличении уровня подрезки, мы видим меньше электронной плотности, видно атомы, не покрытые ей.
Я использовала следующие команды в PyMOL:
PyMOL> fetch 6om5
PyMOL> load 60m5.ccp4, 6om5_map
PyMOL> select new_surface, name c+n+ca+nbr.c
PyMOL> show sticks, new_surface
PyMOL> isomesh new_surface, 6om5_map, 3, *, 2.5
PyMOL> png pr1_s3.png

Рисунок 3. σ=2

Рисунок 4. σ=3

Рисунок 5. σ=4

Электронная плотность вокруг аминокислотных остатков

Я использовала следующие команды в PyMOL:
PyMOL> select tyr, resi 205
PyMOL> hide sticks, !tyr
PyMOL> zoom tyr
PyMOL> isomesh ep1, 6om5_map, 2, resi 205, 2.5

Рисунок 6. ЭП вокруг тирозина 205. Подрезка 2.

Рисунок 7. ЭП вокруг тирозина 205. Подрезка 3.

Рисунок 8. Метионин 189. Подрезка 2.

Рисунок 9. Метионин 189. Подрезка 3.

Рисунок 10. Метионин 189. Подрезка 4.

Рисунок 11. Аргинин 199. Подрезка 1.

Рисунок 12. Аргинин 199. Подрезка 2.

Заключение о соответствии координат атомов сгущениям электронной плотности на основе полученных рисунков.

Источники
PyMOL