Вернуться на страницу семестра
Цель работы: привести не менее двух примеров PDB файлов, асимметрическая единицы которых не совпадает с биологической единицей
Один пример с биологической единицей больше содержимого асимметрической ячейки
Другой с биологической единицей, являющейся частью содержимого асимметрической ячейки
В отчете напишите в чем разница и приведите рис. содержимого асимметрических единиц и биологических единиц.
Можно воспользоваться advanced search в PDB по полям number of chains (asymm. unit) и number of chains (Biol. assembly),
задав для них разные значения, например 1 и 2 или 2 и 1 или 2 и 4 и т.д.
Асимметрическая ячейка - минимальная часть кристалла, из которой можно восстановить весь кристалл с использованием только кристаллографических симметрий (поворота и сдвига).
Биологическая единица — структура макромолекулы, для которой было показано или предсказано наличие физиологической функции.
1. Биологическая единица больше содержимого асимметрической ячейки
Запрос в PDB:
Number of chains (Asymm. unit) = 1
Oligomeric state (Biol. assembly) = 3
Я выбрала белок 6RX1. Он функционирует как тример, полученный кристаллогафической симметрией из 1 асимметрической ячейки.
Все 3 цепи координируеют лиганд хлора.
Это кристаллическая структура человеческого синцитина-1.
Синцитин-1, также известный как энверин, представляет собой белок, обнаруженный у людей и других приматов,
который кодируется геном ERVW-1 (является частью оболочки эндогенного ретровируса группы W).
Синцитин-1 представляет собой белок, участвуюзий в межклеточных взаимодействиях, функция которого лучше всего выявлена в развитии плаценты.
| Асимметрическая ячейка | Биологическая единица - 3 цепи (вид сбоку) | Биологическая единица - 3 цепи (вид снизу) |
 |  |  |
2. Биологическая единица, являющаяся частью содержимого асимметрической ячейки
Запрос в PDB:
Number of chains (Asymm. unit) = 3
Oligomeric state (Biol. assembly) = 1
Я выбрала белок 6CU6. У него в 1 ассиметрической ячейке 3 биологических единицы (каждая цепь имеет активность, но при кристаллизации получается тример).
Это кристаллическая структура GMPPNP-связанного G12R мутантного KRAS4b человека. Его структура была найдена для статьи: "Атипичный мутант KRASG12R не спаривается при передаче сигналов PI3K и макропиноцитозе при раке поджелудочной железы."
| Асимметрическая ячейка - тример | Биологическая единица - мономер |
 |  |
Источники
|
