Вернуться на страницу семестра
1. Примеры атомов с коэффициентом заполнения (Occupancy), не равным 1, и altercode для них
Подсказка: ищите с помощью advanced search структуры, решенные с помощью X-ray с разрешением
меньше 1 ангстрема, последних лет; можно визуализировать содержание PDB прямо на сайте и вырезать нужную строчку вместе с парочкой соседних.
Так был найден белок 6KFN - структура альгинат-лиазы из Paenibacillus sp с разрешением 0.89 А. И в нём я встретила следующие строки:
|
ATOM 130 N SER A 46 -8.673 -25.981 6.407 1.00 11.29 N
ANISOU 130 N SER A 46 1427 1215 1648 495 -188 -206 N
ATOM 131 CA ASER A 46 -9.066 -26.682 5.195 0.39 17.39 C
ANISOU 131 CA ASER A 46 2480 1936 2191 668 -293 -517 C
ATOM 132 CA BSER A 46 -9.067 -26.683 5.194 0.52 10.70 C
ANISOU 132 CA BSER A 46 1610 962 1493 544 -184 -392 C
ATOM 133 CA CSER A 46 -9.070 -26.693 5.198 0.09 12.71 C
ANISOU 133 CA CSER A 46 1742 1387 1699 500 -122 -296 C
|
Пояснения: содержание строчки ATOM: номер записи, категория атома, название аминокислоты (ASER, BSER, CSER появились из-за не единичного коэффициента заполнения),
название цепи (А), номер аминокислотного остатка (46), координаты x, y и z, определяющие положение центра атома, коэффициент Occupancy, B-фактор (температурный фактор)
и название атома.
Анизотропный температурный фактор (ANISOU) характеризует смещенное (эллипсоидное) расплывание электронной плотности отдельного атома.
Коэффициент Occupancy - доля кристаллических ячеек, в которых этот атом имеет данный набор координат. Обычно он равен 1, но бывают исключения. Здесь в 39 % случаев C-альфа атом серина 46
находится в одном положении, в 52% - во втором положении, и в 9% (заметим, сумма 3 положений - 100%) в третьем. Это говорит о подвижности данного атома в белке, нескольких возможных конформациях при кристаллизации.
2. Нерасшифрованные аминокислотные остатки (Missing residues)
Подсказка: ищите структуры плохого разрешения > 3 ангстрем
Так был найден белок 6KE1 - структура TtCas1 с разрешением 3.39 А. И в нём я встретила следующие строки:
|
REMARK 465 MISSING RESIDUES
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE
REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN
REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)
REMARK 465
REMARK 465 M RES C SSSEQI
REMARK 465 MET A 1
REMARK 465 PRO A 2
REMARK 465 PRO A 3
REMARK 465 VAL A 4
REMARK 465 SER A 5
REMARK 465 SER A 6
REMARK 465 ALA A 7
REMARK 465 ARG A 8
REMARK 465 ASN A 9
REMARK 465 LEU A 10
REMARK 465 LYS A 11
REMARK 465 GLU A 12
REMARK 465 LEU A 13
REMARK 465 PRO A 14
REMARK 465 LYS A 15
REMARK 465 ASN A 173
REMARK 465 TRP A 174
REMARK 465 ARG A 175
REMARK 465 ALA A 176
REMARK 465 GLY A 280
REMARK 465 LEU A 281
REMARK 465 PRO A 282
REMARK 465 GLU A 283
REMARK 465 GLU A 284
REMARK 465 GLU A 285
|
Пояснения: Missing residues - остатки, которые не удвалось расшифровать в РСА-эксперименте, например, из-за подвижности этих остатков. Это первые 15 остатков и 2 небольших блока в середине.
3. Пример, в котором последовательность природного белка из Uniprot и последовательность белка, который кристаллизовали, не совпадают
Подсказка: в "advanced search" можно использовать поиск Wild Type protein из раздела Sequence Features.
В файле см. поле DBREF c UNP (от Uniprot); SEQADV строчки, ну и missing residues.
C PDB структурой белка связаны три последовательности: (1) последовательность природного белка из Uniprot; (2) последовательность белка,
который кристаллизовали — он может отличаться наличием тэгов, или же быть частью природного белка, например, доменом; (3) та часть последовательности (2),
которая соответствует "видимой" методом РСА (то есть одинаково расположенной во всех ячейках кристалла) части белка.
Так был найден белок 6IC1: Entity 1 containing Chain A - урат оксидаза под давление криптона 90 атм. И в нём я встретила следующие строки:
|
DBREF 6IC1 A 1 301 UNP Q00511 URIC_ASPFL 2 302
SEQADV 6IC1 ACE A 1000 UNP Q00511 EXPRESSION TAG
|
|
REMARK 465 MISSING RESIDUES
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE
REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN
REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)
REMARK 465
REMARK 465 M RES C SSSEQI
REMARK 465 SER A 296
REMARK 465 LEU A 297
REMARK 465 LYS A 298
REMARK 465 SER A 299
REMARK 465 LYS A 300
REMARK 465 LEU A 301
|
В поле DBREF указан идентификатор UNP(UniProt) Q00511 URIC_ASPFL этой аминокислотной последовательности. В SEQADV перечислены тэги, в данном случае ACE - acetyl group,
которая была добавлена в качестве лиганда. Вообще у белка много необычных лигнадов: ACE ACETYL GROUP, MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, AZA 8-AZAXANTHINE, ACT ACETATE ION,
KR KRYPTON, NA SODIUM ION. Также в PDB файле есть нерасшифрованные аминокислоты. Этим всем обуславливается отличие записей из 2 баз данных.
4. Наибольший и наименьший B-фактор в структуре
Подсказка: в любом PDB файле; приведите строчки с соответствующими атомами и B-факторами; можно выбрать на глаз, не страшно, если это не абсолютные минимум и максимум).
С чем может быть связано такое экстремальное значение у данного остатка?
Рассматривала тот же белок, что и в прошлом пункте 6IC1: Entity 1 containing Chain A - урат оксидаза под давление криптона 90 атм.
|
ATOM 65 CA GLY A 9 42.038 64.385 34.727 1.00 8.87 C
ATOM 66 C GLY A 9 41.971 64.167 36.217 1.00 8.49 C
ATOM 180 CG AGLU A 22 12.159 76.008 50.834 0.60 68.64 C
|
Пояснения: B-фактор (температурный фактор) - число, характеризующее надежность определения координат атома.
Низкие значения B-фактора говорят о том, что атом жёстко зафиксирован, в записи из PDB выше я привела 2 примера остовных атомов глицина, B-фактор которых < 10.
Вообще это общая тенденция для остовных атомов C, Ca, N - B-фактор в промежутке 8-20. Высокий B-фактор у глутамата говорит о высокой размазанности
электронной плотности атома относительно предсказанного положения его центра. При этом occupancy не равно 1, то есть это углерод совсем нежёстко зафиксирован.
Источники
|
