Умение генерировать аннотацию вторичной структуры

Вернуться на страницу семестра

Определить вторичную структуру белка 6OM5 с помощью одной из программ: DSSP и Stride

Рисунок 1. Вторичная структура белка

Я выбрала программу DSSP, установленную на kodomo. Нужный файл я получила командой:
mkdssp -i 6om5.pdb -o 6om5.txt
Ссылка на выдачу программы
Обозначения во вторичной структуре.
H = alpha-helix
B = beta-bridge residue
E = extended strand (in beta ladder)
G = 3/10-helix
I = 5-helix
T = H-bonded turn
S = bend

Сравнение границ четырёх элементов вторичной структуры, полученных программой, с границами, приведенными в заголовке PDB файла


В PDB-файле нужная информация в HELIX, SHEETS. В DSSP-файле нужная информация во 2 и 3 колонках. Ориентируюсь на H = alpha-helix и E = extended strand (in beta ladder).

Таблица 1. Сравнение элементов вторичной структуры

СтруктураPDBDSSPКомментарии
α-спираль 1 (красный)76-8676-85Ошибка на -1 остаток с одного края. Этот остаток на границе новой спирали (3/10 helix)
α-спираль 2 (жёлтый)61-6862-67Ошибка на -1 остаток с обоих краев.
β-бочонок (зелёный)170-271170-271Идеальное предсказание бета-бочонка, каждый отдельный β-тяж предсказан с правильными границами.
β-слой (голубой)36-40, 50-5536-40, 50-55Предсказание с правильными границами.

Рисунок 2. Выбранные для таблицы вторичные структуры


Предсказания программы DSSP оказались достаточно точными. Для β-тяжей границы определенны абсолютно правильно, а для α-спиралей, предсказания на 1-2 граничных остатка короче, что всё равно считается хорошим результатом. 


Источники
⏳ ⌛

© Миронова Екатерина 2019 год