Умение работать с алгоритмами пространственного совмещения

Вернуться на страницу семестра

1. Найдите структурные гомологи вашего белка и выберите 2–4 из них

Использовала поиск по сходству структур в PDBeFold. Можно регулировать: цепочку, домен или часть структуры, по которой поиск; процент одинаково расположенных тяжей и спиралей во входной структуре и в находке. Выбраны структуры разных белков с RMSD между 0,8 и 2,5 и длиной выравнивания более 50% от длины белка.

Таблица 1. Находки

2. Постройте совмещение структур вашего белка и его 2 структурных гомологов

После совмещения структур были скачены 2 файла:
ссылка на выравнивания последовательностей, построенное по структурам;
ссылка на файл с совмещёнными структурами

Рисунок 1. Совмещенные структуры

Выравнивание структурное (1)

Выравнивание алгоритмом Muscle (2)

При сравнении выравниваний можно найти довольно много отличий. Выравнивание алгоритмом Muscle короче на 60 позиций. В выравнивании 1 намного больше гэпов. Рассмотрим для примера 1 такой участов, соответствующий позициям 182-213 на первом выравнивании и 125-157 на втором. В 1 выравнивании там большой гэп для 1 последовательности, а 2 остальные выравнены. Найдём этот участок на совмещенных структурах. Окрасила соотвующие аминокислоты на этих участках. Команды:
PyMOL>color red, chain B
PyMOL>color yellow, chain C
PyMOL>color blue, chain A
Я нашла номера этих остатков в структуре и показала:
show cartoon, resi 143-174

Рисунок 2. Окраска участка выравнивания 1 + весь белок 1(на совмещенном 2 белка из 3 выравнены)

Рисунок 3. Окраска участка выравнивания 1, соответственные остатки белка 1 (на совмещенном 2 белка из 3 выравнены)

Источники