a). Участки, подходящие под определение понятия вертикального блока (отмечены буквой В):
1-19; 30-38; 43-54; 62-73; 95-105; 114-128; 134-140; 151-157.
b). Следующие участки между блоками входят в кластеры (отмечены буквой С):
39-42; 106-113.
c). Самый длинный участок, не входящий в состав блоков и кластеров (отмечен буквой Х):
74-94.
Рис.3 Вертикальные блоки и кластеры
d). На участке 143-148 (отмечен буквой Н) можно увидеть, что белки ETHHY и BUTPB
имеют одинаковые последовательности, заметно отличающиеся от остальных белков.
Рис.4 Блок Н
Задание 3
Блок 114-128 содержит:
абсолютно консервативных колонок: 10 (66.67%)
абсолютно функционально консервативных колонок: 13 (86.67%)
колонок, консервативных на 70%: 11 (73.33%)
Участок 74-94 содержит одну колонку с гэпом (4.76%).
Добавленная заведомо негомологичная последовательность: первые 160 остатков
F4BY60.
Перевыровнено программой Muscle по дефолту. Можно увидеть некоторое количество консервативных колонок,
некоторые из которых даже складываются в "блоки" (отмечены буквой b).
Рис.5 Выравнивание с заведомо негомологичной последовательностью
