PSI-Blast

Задание 1

При помощи PSI-BLAST производился поиск гомологов белка щелочная фосфатаза из организма Methanosaeta concilii GP6 (YP_004384630.1)
Ссылка на запрос в psiblastp (База данных - SwissProt, Max target sequences - 1000, Gap Existence - 11, Gap Extension - 1)

Таблица 1.

Итерация Количество находок лучше порога Появились ли новые находки ID лучшей находки Score лучшей находки E-value лучшей находки ID худшей находки Score худшей находки E-value худшей находки
1 27 Да P83456.1 204 9e-59 O60109.1 141 1e-35
2a 30 Да P08289.2 511 6e-177 A1RTD5.1 42.8 0.004
2б 27 Нет P08289.2 511 6e-177 O60109.1 310 2e-98
3 27 Нет P08289.2 545 0.0 P09401.2 350 6e-115
4 27 Нет P08289.2 553 0.0 P09401.2 349 1e-114

2б итерация относится к переделанной 2а, т.к. три худшие находки выше порога имеют маленький Score, Query cover около 50%, а их E-value слабо отличается от E-value лучших находок ниже порога. Также они относятся к классу изомераз, а не гидролаз, как "мой" белок. Поэтому новый порог - 0.00001.


Ссылка на последовательности

Задание 3

Команда, использованная для построения выравнивания при помощи muscle: muscle -in seqfam.fasta -out musseqfam.fasta.
Выравнивание

Задания 4,5,6

См. проект

В шестом задании можно увидеть, что оба выравнивания содержат много совпадающих блоков: 130-150, 178-182, 206-219, 248-285 и др.



Назад к странице второго семестра

© Aleksei Efremov, 2014