Выравнивание геномов

Задание 1.
Для построения карты локального сходства были выбраны геномы бактерий Mycobacterium africanum (на карте располагается на оси ОХ) и Mycobacterium intracellulare (ось ОУ).

Рис1. Карта локального сходства.

Описание карты

Желтыми прямоугольниками обозначены инверсии относительно генома на оси ОХ (0.2Mb - 0.8Mb, 1.5Mb - 2.75Mb, 3.75Mb - 4.4Mb).

Выделенные зелеными прямоугольниками сиквенсы, видимо, подверглись транслокации (поменялись между собой местами 0.2Mb - 0.8Mb и 3.75Mb - 4.4Mb).

Обведенный коричневым участок соответствует вставке в исходный геном (1.4Mb).

Фиолетовые прямоугольники обозначают делеции (1.7Mb, 2Mb, 2.2Mb, ...).

Задание 2.
Выбраны следующие организмы

Штамм	Идентификатор
Rickettsia rickettsii str. Colombia	CP003306.1
Rickettsia rickettsii str. 'Sheila Smith'	CP000848.1
Rickettsia rickettsii str. Brazil	CP003305.1

Количество различных g-блоков: 5

Рис2. Выравнивание блоков.

Количество s-блоков: 563
Суммарная длина: 1139938 (94.44%)
Доля консервативных позиций: 0.9983

Число r-блоков: 277

Блок	Число фрагментов	Длина	Число генов	Консервативность
r27х101	27	101	4	60,89%
r8х132	8	132	5	62,5%

Описание делеций на примере h-блоков

Блок	Число фрагментов	Длина	Число генов	Консервативность	У кого нет
h2х111	2	111	2	100%	Rickettsia rickettsii str. Brazil
h2х159	2	159	2	100%	Rickettsia rickettsii str. Colombia

При помощи алгоритма blastn было проверена проверена гипотеза о приобретении Rickettsia rickettsii str. Colombia u-блока u1х159 в результате горизонтального переноса генов.

Рис3. Выдача бласта.

Гипотеза, видимо, неверна.
Различия в аннотации генов.
В блоке r15x139 закодирован ген пролин/бетаинового транспортера, но при этом в бактерии Rickettsia rickettsii str. 'Sheila Smith' аннотирован ген транспортера сахаров MSF типа.

Рис4. Два различных гена в блоке r15x139.

Назад к странице третьего семестра.