Комплексы ДНК-белок

Предсказание вторичной структуры тРНК

Результаты предсказаний с помощью программы einverted, алгоритма Зукера и данные рельной структуры, полученные с помощью find_pair были сведены в таблицу:

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам *find_pair*)	Результаты предсказания с помощью *einverted*	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5' 1-7 3' 5' 66-72 3' Всего 7 пар	Предсказано 0 пар из 7	Предсказано 6 из 7
D-стебель	5' 10-13 3' 5' 22-25 3' Всего 4 пар	Предсказано 0 из 4	Предсказано 4 из 4
T-стебель	5' 49-53 3' 5' 61-65 3' Всего 5 пар	Предсказано 5 из 5	Предсказано 5 из 5
Антикодоновый стебель	5' 38-44 3' 5' 26-32 3' Всего 6 пар	Предсказано 5 из 7	Предсказано 5 из 7
Общее число канонических пар нуклеотидов	23	10	20

Рис1. Изображение, полученное с помощью mfold. Параметр поиска: P=25%.

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре.

Упр.1. В расположенном ниже Jmol-апплете Скрипт_1 последовательно визуализует следующие группы атомов: множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы; множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты; множество атомов азота в азотистых основаниях.
Упр.2. Описание ДНК-белковых контактов в заданной структуре. Сравнение количеств контактов разной природы.
Назовём полярными атомы кислорода и азота, а неполярными - атомы углерода, фосфора и серы. Тогда полярный контакт - ситуация, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5A. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5A. Проиллюстрируем это с помощью cкрипта Скрипт_2 в приведённом ниже апплете.

Сравнение количества контактов разной природы.

Таблица 1. Контакты разного типа в комплексе 1CF7.pdb

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	17	6	23
остатками фосфорной кислоты	17	47	64
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	4	9	13
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	2	2

После того, как структура загрузится, надо выбрать сценарий:

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Text of the script 1
Text of the script 2

Jmol output:

Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot

Для получения изображений используем следующие команды:
remediator --old "1CF7.pdb" > "1CF7_old.pdb"
nucplot 1CF7_old.pdb

Рис.1. Схема ДНК-белковых контактов-1.

Рис.2. Схема ДНК-белковых контактов-2.

Больше всех контактов имел остаток Arg17(A):

Аргинин и два контактирующих нуклеотида. Аргинин покрашен в зеленый с синим(атомы азота).

Назад к странице третьего семестра.