Для выполнения этого практикума был выбран коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома (SARS).
Таксономия:
Viruses; ssRNA viruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage; Nidovirales; Coronaviridae; Coronavirinae; Betacoronavirus; Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus; SARS coronavirus.
АС генома: NC_004718 Таблица с GenBank'a
Геном данного вируса был аннотирован при помощи сервера RAST, который выдал следующую таблицу.
Для удобства сравнения они были сведены в единую табличку.
Аннотированных CDS в записи генбанка - 15, RAST же нашел 11.
8 генов совпали полностью.
У 3 генов не совпало начало.
При помощи алгоритма blastp были проверены гены с несовпадающими стартами.
Рис1. Выдача blastp
Рис2. Выдача blastp
Рис3. Выдача blastp
В целом RAST неплохо справляется со своей задачей, но, к сожалению, пропуская часть кодирующих последовательностей. Различия в аннотациях с генбанком имеются, но они не так значимы.
