Чтение последовательностей по Сэнгеру

Ссылки на исходные файлы:
Прямая цепь
Обратная цепь

Ссылки на fasta-файлы, выравнивание и "чистую" последовательность:
Прямая цепь
Обратная цепь
Проект JalView с выравниванием
Чистая последовательность

Цепь Координаты нечитаемого 5'-конца Координаты нечитаемого 3'-конца
Прямая 1-31 366-905
Обратная 1-144 950-962

Таблица 1. Координаты нечитаемых 5'- и 3'-концов.


Характеристика хроматограммы прямой цепи:


Рис1. Участок нечитаемого 3'-конца прямой цепи.


Характеристика хроматограммы прямой цепи:


Рис2. Несколько размытых пиков вместо четких отдельных.


Редактирование последовательностей, проблемные участки

1. Пик гуанина на прямой цепи недостаточно высокий, чтобы не считаться шумом, однако при взгляде на обратную цепь все становится ясно.



Рис3. Пик недостаточно явный.


2. Сигнал не был распознан, так как слабо отличается от шума по интенсивности.



Рис4. Слишком слабая интенсивность сигнала.


3. Сразу две проблемы: нераспознанный C и лишний N. Первый был вставлен при редактировании, второй же удален.


Рис5. Делеция цитозина и вставка лишнего нуклеотида.


4. Снова две проблемы, но на этот раз обе одинаковые. Слишком высокий шум. Оба основания оказались гуанинами.


Рис6. Высокий шум.


Выравнивание отредактированных последовательностей

Плохая хроматограмма

Пример действительно плохой хроматограммы. Почти наверняка в образце было несколько различных ДНК.


Рис8. Хроматограмма загрязненного образца.


Назад к странице третьего семестра.


© Aleksei Efremov, 2015