Strand I Strand II Helix 1 (0.003) A:...1_:[..G]G-----C[..C]:..72_:A (0.005) | 2 (0.004) A:...2_:[..C]C-----G[..G]:..71_:A (0.006) | 3 (0.008) A:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:A (0.006) | 4 (0.009) A:...4_:[..G]G-*---U[..U]:..69_:A (0.007) | 5 (0.009) A:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:A (0.008) | 6 (0.007) A:...6_:[..U]U-----A[..A]:..67_:A (0.016) | 7 (0.007) A:...7_:[..U]Ux----A[..A]:..66_:A (0.012) | 8 (0.017) A:..49_:[5MC]c-----G[..G]:..65_:A (0.017) | 9 (0.015) A:..50_:[..U]U-----A[..A]:..64_:A (0.015) | 10 (0.011) A:..51_:[..G]G-----C[..C]:..63_:A (0.009) | 11 (0.014) A:..52_:[..U]U-----A[..A]:..62_:A (0.022) | 12 (0.015) A:..53_:[..G]G----xC[..C]:..61_:A (0.006) | 13 (0.011) A:..54_:[5MU]u-**-xa[1MA]:..58_:A (0.048) | 14 (0.018) A:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:A (0.025) x 15 (0.007) A:..36_:[..A]Ax*---U[..U]:..33_:A (0.008) | 16 (0.007) A:..38_:[..A]A-*---c[OMC]:..32_:A (0.008) | 17 (0.021) A:..39_:[PSU]P-*---A[..A]:..31_:A (0.006) | 18 (0.010) A:..40_:[5MC]c-----G[..G]:..30_:A (0.009) | 19 (0.008) A:..41_:[..U]U-----A[..A]:..29_:A (0.006) | 20 (0.012) A:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:A (0.005) | 21 (0.011) A:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:A (0.006) | 22 (0.008) A:..44_:[..A]Ax*---g[M2G]:..26_:A (0.010) | 23 (0.017) A:..10_:[2MG]g-----C[..C]:..25_:A (0.006) | 24 (0.006) A:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:A (0.017) | 25 (0.009) A:..12_:[..U]U-----A[..A]:..23_:A (0.013) | 26 (0.011) A:..13_:[..C]C----xG[..G]:..22_:A (0.011) | 27 (0.017) A:..14_:[..A]A-**-xU[..U]:...8_:A (0.008) | 28 (0.018) A:..15_:[..G]Gx**+xC[..C]:..48_:A (0.013) x 29 (0.018) A:..19_:[..G]Gx---xC[..C]:..56_:A (0.012) + **************************************************************************** Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step. Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and inter-strand overlap is designated according to the following diagram: i2 3' 5' j2 /|\ | | | Strand I | | II | | | | | \|/ i1 5' 3' j1 step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum 1 GC/GC 2.64( 0.51) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.78( 2.74) 8.42( 3.25) 2 CG/CG 0.76( 0.01) 0.00( 0.00) 3.20( 0.72) 0.46( 0.00) 4.42( 0.73) 3 GG/UC 2.38( 0.91) 0.00( 0.00) 0.08( 0.00) 0.33( 0.00) 2.79( 0.91) 4 GA/UU 3.72( 2.19) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.58( 0.89) 6.30( 3.08) 5 AU/AU 4.79( 3.43) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.04( 1.74) 7.83( 5.18) 6 UU/AA 0.78( 0.01) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.15( 2.66) 3.93( 2.66) 7 Uc/GA 0.82( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.37( 1.85) 4.19( 1.85) 8 cU/AG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.43( 0.00) 3.87( 2.83) 4.29( 2.83) 9 UG/CA 0.16( 0.00) 0.00( 0.00) 2.60( 1.28) 0.13( 0.00) 2.89( 1.28) 10 GU/AC 6.87( 3.88) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.53( 1.98) 10.40( 5.86) 11 UG/CA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.46( 2.20) 0.00( 0.00) 4.46( 2.20) 12 Gu/aC 8.81( 4.20) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.17( 0.85) 12.98( 5.06) 13 uP/Ga 5.72( 1.89) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 8.48( 3.73) 14.20( 5.63) 14 PA/UG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 15 AA/cU 0.65( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.76( 1.18) 3.41( 1.18) 16 AP/Ac 4.50( 1.95) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.77( 3.74) 11.27( 5.68) 17 Pc/GA 1.75( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.13( 3.30) 6.88( 3.30) 18 cU/AG 0.07( 0.00) 0.00( 0.00) 0.71( 0.00) 0.72( 0.72) 1.49( 0.72) 19 UG/CA 0.07( 0.00) 0.00( 0.00) 3.07( 1.76) 0.04( 0.00) 3.18( 1.76) 20 GG/CC 2.97( 1.48) 0.00( 0.00) 0.36( 0.00) 0.19( 0.00) 3.53( 1.48) 21 GA/gC 3.66( 1.01) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.47( 2.64) 9.13( 3.65) 22 Ag/Cg 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.27( 0.04) 0.34( 0.07) 1.61( 0.11) 23 gC/GC 3.38( 0.62) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 7.14( 3.85) 10.52( 4.46) 24 CU/AG 1.05( 0.02) 0.00( 0.00) 0.03( 0.00) 2.47( 2.16) 3.55( 2.18) 25 UC/GA 1.26( 0.30) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.00( 0.06) 2.26( 0.36) 26 CA/UG 0.00( 0.00) 1.98( 0.00) 2.24( 0.19) 0.00( 0.00) 4.22( 0.19) 27 AG/CU 2.43( 0.70) 0.00( 0.00) 0.16( 0.00) 0.00( 0.00) 2.58( 0.70) 28 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 29 GA/AC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 30 AU/AA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.31( 3.02) 5.31( 3.02) 31 UG/CA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) ****************************************************************************