Был выбран метаболизм лизина. Из него взята реакция 4.2.1.114 (покрашена на рисунке 1), которая катализируется
белками ортологических рядов K16792 (92 белка) и K16793 (104 белка).
Рис1. Карта метаболизма лизина.
Рис2. Изомеризация гомоцитрата. Слева: взаимопревращение
гомоцитрата и цис-гомоаконитата. Справа: взаимопревращение цис-гомоаконитата и гомоизоцитрата.
Белки ортологических рядов были выровнены программой Muscle. Стоит отметить, что выравнивание получилось плохое, так как
белки ряда K16793 примерно в два раза короче белков K16792, а общие блоки содержат как правило только гидрофобные аминокислоты. Проект JalView.
Рис3. Множественное выравнивание белков из ортологических рядов К16792 и К16793.
Соответственно, нет смысла строить дерево двух заведомо негомологиченых рядов.
