Геномное окружение

Задание 1. Геномное окружение, SEED

Вместо выданного Desulfobacterium autotrophicum HRM2 был выбран Desulfomicrobium baculatum DSM 4028 (E-value 1.0e-168), так как среди организмов, представленных в базе, нет исходного.

Рис1. Геномное окружение гена флавопротеиновой субъединицы сукцинат-дегидрогеназы.

Гены субъединицы фумарат-редуктазы (зеленая стрелка на рис1.) и железо-серной субъединицы сукцинат-дегидрогеназы (оранжевая стрелка на рис1.) встречаются во всех ортологах. Гены субъединиц А и В фумарат-гидратазы первого класса встречаются в 4 организмах.

Задание 2. Опероны, DOOR

Рис2. Оперон 610752, содержащий гомолог гена HRM2_32420 в организме Desulfomicrobium baculatum DSM 4028.

В данный оперон входят гены:
  • Dbac_3062 - Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily hydro-lyase subunit alpha
  • Dbac_3063 - Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily hydro-lyase subunit alpha
  • Dbac_3064 - succinate dehydrogenase and fumarate reductase iron-sulfur protein
  • Dbac_3065 - succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit
    • Ген железо-серной субъединицы фумарат-редуктазы входит во все организмы из SEED'а.

    Задание 3. Метаболические пути, KEGG

    Данный белок входит в цикл лимонной кислоты (цикл трикарбоновых кислот, цикл Кребса).

    Рис3. Референсный цикл лимонной кислоты. Реакция, катализируемая фумарат-редуктазой, покрашена в бирюзовый цвет. Реакция, катализируемая сукцинат-дегидрогеназой, покрашена в синий. Реакция, катализируемая фумарат-гидратазой, покрашена в красный.

    В этом пути участвуют все белки из оперона. Т.к. цикл Кребса является очень важным для энергетического метаболизма клетки, его ключевые этапы удобно регулировать в том числе и с помощью оперонов.

    Итоговая таблица

    Идентификатор HRM2_32420
    Название гена sdhA
    Организм Desulfomicrobium baculatum DSM 4028
    Функция белка Восстановление фумарата/окисление сукцината
    KEGG Цикл трикарбоновых кислот
    Номер оперона 610752
    Белки, кодируемые в том же опероне fumarate hydratase, fumarate reductase
    Белки, найденные через геномное окружение fumarate hydratase, fumarate reductase


    Назад к странице четвертого семестра.

    © Aleksei Efremov, 2016