Gene Ontology.

Задание 1. Отнесение щелочной фосфатазы из Methanosaeta concilii GP6 к терминам GO.

Для выполнения задания был взят белок из первого семестра.
С помощью инструмента AmiGO BLAST был проведен поиск белка, наиболее похожего на мой. Лучшая находка (PPBT_BOVIN) имела следующие параметры:
  • Организм - Bos taurus
  • Length = 524
  • Score = 279 (103.3 bits)
  • Expect = 6.2e-48
  • Sum P(3) = 6.2e-48
  • Identities = 71/180 (39%)
  • Positives = 107/180 (59%)

    • Со страницы этого белка был совершен переход на страницу 'terms associations', информация оттуда помещена в таблицу 1, значения кодов типов достоверностей приведены в таблице 2.

    Таблица 1. Информация о щелочной фосфатазе из Bos taurus в базе GO.

    Аспект Идентификатор GO Название термина Перевод названия термина Код типа достоверности
    Биологический процесс
    Biological process    		 GO:0031214 biomineral tissue development Развитие биоминеральной ткани IDA
    Биологический процесс
    Biological process    		 GO:0071407 cellular response to organic cyclic compound Клеточный ответ на органическое циклическое соединение IEA
    Биологический процесс
    Biological process    		 GO:0016311 dephosphorylation Дефосфорилизация IEA, IDA
    Биологический процесс
    Biological process    		 GO:0003006 developmental process involved in reproduction Процесс развития, включенный в репродукцию IEA
    Биологический процесс
    Biological process    		 GO:0001958 endochondral ossification Эндохордальная оссификация IEA
    Биологический процесс
    Biological process    		 GO:0001649 osteoblast differentiation Дифференцировка остеобласта IEA
    Биологический процесс
    Biological process    		 GO:0046677 response to antibiotic Ответ на антибиотик IEA
    Биологический процесс
    Biological process    		 GO:0033280 response to vitamin D Ответ на витамин D IEA
    Клеточный компонент
    cellular component    		 GO:0031225 anchored component of membrane Заякоренный компонент мембраны IEA
    Клеточный компонент
    cellular component    		 GO:0070062 extracellular exosome Внеклеточная экзосома IEA
    Клеточный компонент
    cellular component    		 GO:0065010 extracellular membrane-bounded organelle Внеклеточная органелла, связанная с мембраной IDA
    Клеточный компонент
    cellular component    		 GO:0005886 plasma membrane Плазматическая мембрана IEA
    Клеточный компонент
    cellular component    		 GO:0005578 proteinaceous extracellular matrix Внеклеточный белковый матрикс IEA
    Молекулярная функция
    molecular function    		 GO:0004035 alkaline phosphatase activity Активность щелочной фосфатазы IDA
    Молекулярная функция
    molecular function    		 GO:0046872 metal ion binding Связывание иона металла IEA
    Молекулярная функция
    molecular function    		 GO:0016462 pyrophosphatase activity Пирофосфатазная активность IEA

    Таблица 2. Значения кодов типов достоверностей.

    Код типа достоверности Расшифровка кода типа достоверности Объяснение
    IEA Inferred from Electronic Annotation Данный код присваивается, когда подтверждающие данные получены автоматизированной аннотацией без проверки куратором. Включает в себе аннотации на основе сходности сиквенсов, перенос аннотации из базы данных, аннотации, сделанные на базисе файлов с картированными ключевыми словами. Аннотации, не проверенные куратором в течение года, удаляются.
    IDA Inferred from Direct Assay Аннотация была сделана вручную на основе данных, полученных в ходе реальных исследований, нацеленных на определение свойств объекта и соотнесение их с терминами GO. В методы исследований входят иммунофлуоресценция, фракционирование клеток, исследования ферментативной активности и пр.

    Задание 2. Описание термина GO.

    Был выбран биологический процесс GO:0071407 - cellular response to organic cyclic compound (клеточный ответ на органические циклические соединения). Его описание приведено в таблице 3.

    Таблица 3. Таблица с основной информацией о процессе GO:0071407.

    Свойство Значение
    Идентификатор (Accession) GO:0071407
    Название (Name) Клеточный ответ на органические циклические соединения (cellular response to organic cyclic substance)
    Аспект онтологии (Ontology) Биологический процесс (Biological Process)
    Синонимы (Synonyms) exact (нет синонимов)
    Определение (Definition) Любой процесс, имеющий результатом изменение в состоянии или активности клетки (в терминах движения, секреции, продукции ферментов, экспрессии генов и пр.), вызванный стимулом в виде циклического органического соединения.
    Source: GOC:mah
    Комментарий (Comment) None
    Число родителей (из них - логически определённых) 9 (7)
    Число потомков (из них - логически определённых) 93 (0)
    На Рис.1 визуализированы отношения данного термина к его родителям. Получено из вкладки Graph View.
    Рис.1. Отношения термина GO:0071407 с родительскими терминами. Черные стрелки показывают отношения сорта "is a". Помимо этого, цветные прямоугольники обозначают отнесение термина к определенной подгруппе.

    Конкретно с данным термином вышло так, что предоставленная информация является очевидной. Однако я считаю весьма полезным построение подобного рода отношений между терминами для получения более полной картины происходящего в биологии.

    Назад к странице четвертого семестра.

    © Aleksei Efremov, 2016