Первая тройка чисел - нормы векторов, определяющих базис относительных координат ячейки. Вторая тройка чисел - углы между ними. P 21 21 2 - обозначение типа симметрии кристалла. 8 - число цепей в элементарной ячейке.
Использованные команды в PyMol:
load 3e2d.pdb, app
symexp cryst, 3e2d, all, 12
Рис 1. Изображение многих ячеек кристалла.
Далее были изучены водородные связи (до 3.5 ангстрем) между цепями соседних ячеек и цепями одного белка.
Использованные команды в PyMol:
delete resn hoh
select pol, symbol o+n
select pol, symbol o+n
select a1, 3e2d and chain A
select a2, crystXXXXXXXX and chain B (где crystXXXXXXXX - это какая-то из соседних ячеек)
show lines, a1
show lines, a2
distance hbonds, a1, a2, 3.5
Рис 2. Водородные связи между разными цепями белков соседних ячеек.
Далее примерно те же манипуляции были выполнены для выявления водородных связей между разными цепями в одной ячейке.
Рис 3. Водородные связи между разными цепями белков в одной ячейке.
Видно, что связей между субъединицами щелочной фосфатазы гораздо больше, чем связей между белками в соседних ячейках. Выявленные между ячейками связи, скорее всего, являются артефактом кристаллизации.
2. ДНК-белковый комплекс
Была выбрана структура 1mnm.
Использованные команды в PyMol:
fetch 1mnm
Рис 4. Структура 1MNM
Видно, что есть "голая" бета-складка. Надо посмотреть, что происходит в соседних ячейках.
Использованные команды в PyMol:
symexp cryst, 1mnm, all, 2
select s, 1mnm and chain A
color orange, s
select s, chain D and not 1mnm
color green, s
Рис 5. Структура 1MNM с соседней ячейкой
Теперь видно, что бета-складка взаимодействует с белком в соседней ячейке.
3. Несовпадающие биологическая и ассиметрическая ячейки
В advanced search'е PDB были указаны несовпадающие количества цепей в биологической (1) и ассиметрической (2) ячейках.
Рис 6. Ассиметрическая (слева) и биологическая (справа) ячейки структуры 5GYM
Рис 7. Ассиметрическая (слева) и биологическая (справа) ячейки структуры 5O4Z
