Разметка вторичной структуры

Использовалась структура 3E2D и сервис Stride.
Была получена следующая текстовая выдача.

Рис1. Разметка вторичной структуры белка с PDB ID 3E2D, полученная сервисом Stride.


Тип вторичной структурыPDBStride
1β-тяжVAL 146 - GLY 150VAL 146 - GLY 150
2β-тяжVAL 470 - TRP 475VAL 470 - TRP 475
3α-спиральGLY 15 - ALA 29PRO 16 - GLN 28
4α-спиральPHE 355 - ASN 363PHE 355 - ASN 363

Stride достаточно хорошо определяет β-тяжи, но может ошибаться в границах α-спиралей или разбивать их на несколько спиралей.

Назад к странице седьмого семестра.


© Aleksei Efremov, 2017