Нахождение гидрофобных кластеров

Для первого задания спользовалась структура 3E2D и сервис CluD.

Рис1. Полученные при помощи CluD с дефолтными параметрами {Distance threshold: 5.4, Show clusters not smaller than: 3} гидрофобные кластеры в структуре 3E2D.

Не синие кластеры содержат более 30 атомов. Видно, что практически все неполярные атомы были приписаны одному очень большому кластеру. Вряд ли это биологически осмысленно, учитывая, что данный белок является димером, в составе которого есть несколько структурных доменов.

Рис2. Полученные при помощи CluD с параметрами {Distance threshold: 4.6, Show clusters not smaller than: 30} гидрофобные кластеры в структуре 3E2D.

У каждой субъединицы выделились каталитические домены и "crown"-домен. Показано красными оттенками для одной субъединицы и зелеными для второй.

Для второго задания спользовалась структура 5O6G.

Рис3. Полученные при помощи CluD с параметрами {Distance threshold: 4.5, Show clusters not smaller than: 1} гидрофобные кластеры в структуре 5o6g в местах контакта белка и ДНК.

Назад к странице седьмого семестра.