Использовалась структура 5TP6, содержащая 2 белковых цепи и 20 моделей.
Рис1. Молекулярная поверхность на фоне cartoon модели.
Интерактивный график со значениями площадей поверхностей.
Видно, что молекулярная поверхность мало меняется от модели к модели, а поверхность, доступная для растворителя, может отличаться более, чем на тысячу квадратных ангстрем у разных моделей. Возможно, при движении гибких частей молекул образуются полости, недоступные для растворителя, а молекулярная поверхность при этом почти не меняется.
Рис2. Зависимость поверхности, доступной для растворителя, от молекулярной поверхности.
Линия тренда намекает, что поверхность, доступная для растворителя, в целом увеличивается с увеличением молекулярной поверхности, однако зависимость, мягко говоря, не идеальная (коэф. корреляции Пирсона между двумя массивами чисел - 0.33800374).
Далее были визуализированы поверхности контакта цепей (атомы в пределах 3.5 Å).
Рис2. Поверхность контакта без предварительного разделения цепей с помощью extract.
Рис3. Поверхность контакта с предварительным разделением цепей с помощью extract.
Обе поверхности вышли довольно рваные, однако при предварительном разделении цепей поверхность контакта кажется более правдоподобной (видно, что в данном случае одна цепь входит в другую, поэтому снаружи практически не должно быть поверхностей контактов).
