Пространственное выравнивание и совмещение структур
Для первого задания спользовалась структура карбоангидразы 5N1R и сервис PDBeFold.
Рис1. Отобранные белки.
Исходный белок - человеческий. Среди отобранных белков есть ортологи из коровы и из Thermovibrio ammonificans, а также человеческий паралог (другая изоформа) и измененный генетической инженерией вариант той же изоформы.
В 22 позиции выравнивания последовательностей тирозин белка 4uov не выровнен ни с чем. В структурном выравнивании он находится в позиции 24 и выровнен с фенилаланинами остальных белков. Давайте посмотрим на структуры в PyMol и убедимся, что структурное выравнивание верное.
Рис4. Тирозин структуры 4uov хорошо совмещается с фенилаланинами других структур.
Для второго задания спользовались структуры TRC 1J8H (регион d:118-203) и 2AK4 (регион e:119-247).
Рис5. Структура 1j8h, альфа регион 118-203 цепи D показан красным.
Рис6. Структура 2ak4, бета регион 119-247 цепи E показан красным.
Рис7. Выровненные домены.
Домены были вырезаны и помещены в отдельные файлы для удобства. Участок 1j8h, участок 2ak4.
Для доменов были построены карты бета-листов при помощи сервиса SheeP.
Рис8. Карта для региона 118-203 цепи D 1j8h.
Рис9. Карта для региона 119-247 цепи E 2ak4.
Найдены консервативные цистеины, образующие дисульфидные связи.
Рис10. Цистеины, образующие дисульфидные связи в 1j8h (фиолетовый цистин) и 2ak4 (красный цистин).
Теперь можно выровнять эти домены.
select alpha, 1j8h_reg and resi 126-128+138-140+179-181 and name CA
select beta, 2ak4_reg and resi 129-131+147-149+194-196 and name CA
pair_fit alpha, beta
RMS по 9 затравочным атомам получилась равным 0.434.
Рис11. Структуры, выровненные по затравочным атомам бета-листов.
Файл с совмещением.
Совмещение получилось не идеальным. Топологии двух доменов содержат очень схожие участки (хорошо совмещенные участки бета-листов), однако содержат и очень различные (второй бета-лист бета-домена расположен на месте неупорядоченных петель другого домена, также у альфа-домена нет альфа-спиралей, а у бета-домена они есть).
