Выравния избранных белков из протеомов Кишечной и Сенной палочек

                                                                                                                                                                          
 
Навигация по сайту
                              
 На Главную                                                                                                                                                         
 Здесь будут другие семестры
 1 семестр
 2 семестр
 Обо мне                                                                                                                                                                      
 Официальный сайт ФББ МГУ                                                                                                                                         

• Таблица 1. Глобальное выравнивание

  Protein Name	ID 1	ID 2	Score	%Identity	%Similarity	Gaps	indels
  Acetate kinase	ACKA_BACSU	ACKA_ECOLI	821	43%	63,60%	23	11
  NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase	BETB_BACSU	BETB_ECOLI	985,5	41,60%	61%	26	9
  Pantothenate kinase	COAA_BACSU	COAA_ECOLI	764	49,50%	67,10%	3	3

• Таблица 2. Локальное выравнивание

  Protein Name	ID 1	ID 2	Score	%Identity	%Similarity	Gaps	indels	Coverage 1	Coverage 2
  Acetate kinase	ACKA_BACSU	ACKA_ECOLI	823,5	43,30%	64,20%	21	10	95,44%	95,75%
  NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase	BETB_BACSU	BETB_ECOLI	994,5	43%	63,20%	15	6	95,10%	94,69%
  Pantothenate kinase	COAA_BACSU	COAA_ECOLI	764	49,70%	67,30%	2	2	100%	100%

  Комментарий: Для второго белка у разных организмов разные рекомендуемые названия. У e.coli - NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase, а у сенной палочки - просто Betaine aldehyde dehydrogenase.

• Таблица 3. Выравнивание негомологичных белков

  Alignment	Score	%Identity	%Similarity	Gaps	indels	Coverage 1	Coverage 2
  Global	45,5	11,40%	19%	431	27
  Local	75	21,20%	34,60%	95	15	57,1	50,45

  Комментарий: Были взяты белки с мнемониками daua_ecoli и yycr_bacsu. Локальное выравнивание позволяет получить выравнвание с большим процентом сходства и уменьшить количество гэпов, но при этом уменьшается покрытие.

• Выравнивание в fasta и импорт в Jalview.

  Глобальное выравнивание белков coaa_bacsu и coaa_ecoli в виде проекта Jalview.

• Множественное выравнивание белков coaa. Всего белков с мнемоникой coaa нашлось 236, из них были выбраны 5 случайных и белки из палочек. Все белки неплохо выровнялись, при этом хорошо заметны консервативные участки. Скорее всего белки гомологичны.

  pr9multiplecoaa.jvp

---

© Сутырин Егор 2018