Навигация по сайту
На Главную 1 семестр 2 семестр 3 семестр Здесь будут другие семестры Обо мне Официальный сайт ФББ МГУ
bedtools bamtobed -i chr3.1s.bam > chr3.bed | Перевод в bed формат |
bedtools intersect -c -a /P/y14/term3/block4/SNP/rnaseq_reads/gencode.genes.bed -b chr3.bed | grep -w -v 0 > int_cout.bed | Пересечения bed файла с референсным геномом. -c считает покрытие участка, а grep выбирает участки с ненулевым покрытием. Grep нужен потому что идентичная опция -u не работает вместе с -c. |
bedtools bamtofastq -i chr3.1s.bam -fq chr3.1s.fastq | Перевод из bam в fastq формат |
bedtools getfasta -fullHeader -fi ../chr3.fasta -bed sn.bed > sn.fasta | Получение fasta-последовательности для заданных в bed-файле интервалов |
bedtools makewindows -i winnum -g chr3.txt -w 1000000 > wind.bed | Деления хромосомы на окна в 1Mb, опция -i winnum добавляет в выходной файл колонку с номером окна. |
В пересечение попали 89 участков гена белка TFRC, с покрытием от 2 до 21075, и один участок snRNA RNU7-18P, с покрытием 66
белок TFRC - клеточный рецептор, необходимый для поглощения ионов железа, необходим для эритропоэза и неврологического развития. Имеет 15 вариантов альтернативного сплайсинга. Координаты на хромосоме 196027183-196082189, обратная цепь
RNU7-18P - Предсказанная малая ядерная РНК. Координаты 196072819-196072880, прямая цепь.
При делении хромосомы на участки получилось 199 участков, длина хромосомы 198022430 b.p.