Навигация по сайту
На Главную 1 семестр 2 семестр 3 семестр Здесь будут другие семестры Обо мне Официальный сайт ФББ МГУ
При помощи программы fiber пакета 3DNA были построенны модели структур A-, B- и Z-форм ДНК
A-форма B-форма Z-формаВ сторону большой бороздки обращены атомы: C6, O6, C5, N7, C8 (обозначенны красным)
В сторону малой бороздки обращены атомы: C2, N2, N3, C4, N9 (обозначенны синим)
Таблица с результатами
A-форма | B-форма | Z-форма | |
Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
Шаг спирали (Å) | 29,17 | 30,08 | 43,5 |
Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
Ширина большой бороздки | 11,21 Å от 4:B.P Cytosine до 5:A.P Guanine | 16,44 Å от 4:A.P Guanine до 17:B.P Adenine | 22,91 Å от 6:A.P Cytosine до 31:B.P Guanine |
Ширина малой бороздки | 15,17 Å от 5:A.P Guanine до 13:B.P Guanine | 10,92 Å от 17:B.P Adenine до 12:A.P Guanine | 8,68 Å от 31:B.P Guanine до 15:A.P Guanine |
В этом задании были произведено сравнение структуры тРНК(1ml5_B) и трех форм ДНК посредством сравнения торсионных углов. Значения были полученны посредством пайплайна "find_pair -t 1ml5.pdb stdout | analyze" и сравнены при помощи Exel. Сравнением разницы между углами исследуемого образца и моделей было выясненно, что A-ДНК наиболее похожа на исследуемую тРНК (Лист 5)
ТаблицаТем же пайплайном были полученны данные о водородных связях в тРНК.
Strand I Strand II Helix 1 (0.005) ....>B:...2_:[..C]C-----G[..G]:..71_:B<.... (0.006) | 2 (0.008) ....>B:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:B<.... (0.007) | 3 (0.009) ....>B:...4_:[..G]G-*---U[..U]:..69_:B<.... (0.008) | 4 (0.009) ....>B:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:B<.... (0.008) | 5 (0.007) ....>B:...6_:[..U]U-----A[..A]:..67_:B<.... (0.016) | 6 (0.007) ....>B:...7_:[..U]U-----A[..A]:..66_:B<.... (0.012) | 7 (0.016) ....>B:..49_:[5MC]c-----G[..G]:..65_:B<.... (0.017) | 8 (0.015) ....>B:..50_:[..U]U-----A[..A]:..64_:B<.... (0.015) | 9 (0.011) ....>B:..51_:[..G]G-----C[..C]:..63_:B<.... (0.009) | 10 (0.014) ....>B:..52_:[..U]U-----A[..A]:..62_:B<.... (0.023) | 11 (0.015) ....>B:..53_:[..G]G-----C[..C]:..61_:B<.... (0.006) | 12 (0.011) ....>B:..54_:[5MU]t-**--a[1MA]:..58_:B<.... (0.048) | 13 (0.018) ....>B:..55_:[PSU]P-**+-G[..G]:..18_:B<.... (0.026) x 14 (0.007) ....>B:..38_:[..A]A-**--c[OMC]:..32_:B<.... (0.008) | 15 (0.021) ....>B:..39_:[PSU]P-*---A[..A]:..31_:B<.... (0.006) | 16 (0.010) ....>B:..40_:[5MC]c-----G[..G]:..30_:B<.... (0.010) | 17 (0.007) ....>B:..41_:[..U]U-----A[..A]:..29_:B<.... (0.006) | 18 (0.013) ....>B:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:B<.... (0.005) | 19 (0.011) ....>B:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:B<.... (0.006) | 20 (0.007) ....>B:..44_:[..A]A-**--g[M2G]:..26_:B<.... (0.010) | 21 (0.017) ....>B:..10_:[2MG]g-----C[..C]:..25_:B<.... (0.006) | 22 (0.006) ....>B:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:B<.... (0.017) | 23 (0.009) ....>B:..12_:[..U]U-----A[..A]:..23_:B<.... (0.013) | 24 (0.011) ....>B:..13_:[..C]C-----G[..G]:..22_:B<.... (0.011) | 25 (0.017) ....>B:..14_:[..A]A-**--U[..U]:...8_:B<.... (0.008) | 26 (0.018) ....>B:..15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48_:B<.... (0.013) x 27 (0.018) ....>B:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:B<.... (0.012) + 28 (0.012) ....>B:..34_:[OMG]g-**--U[..U]:..13_:C<.... (0.012) | 29 (0.005) ....>B:..35_:[..A]A-----U[..U]:..12_:C<.... (0.011) | 30 (0.008) ....>B:..36_:[..A]A-----U[..U]:..11_:C<.... (0.011) |
Как видно из данных, тРНК имеет черыре стебля. Номера пар 1-6, 7-11, 16-19 и 21-24. В тРНК есть 9 неканонических пар оснований (отмечены *), например G-U, G-G. Канонические пары не входящие в стебли стабилизируют третичную структуру моллекулы. (парa 27)