Струтура тРНК была предсказана при помощи программы einverted из EMBOSS и при помощи RNAfold, реализующей алгоритм Зукера. Результаты были занесены в таблицу
Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1ser.pdb
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель |
5'-2-7-3' кроме 4-69 5'-66-71-3' Всего 5 пар |
предсказано 0 пар из 6 реальных | предсказано 7 пар из 6 реальных |
| D-стебель | 5'-10-13-3' 5'-22-25-3' Всего 4 пары |
предсказано 0 пар | предсказано 3 пары из 4 реальных |
| T-стебель | 5'-49-53-3' 5'-61-65-3' Всего 5 пары |
предсказано 4 пары из 5 реальных | предсказано 4 пары из 5 реальных |
| Антикодоновый стебель | 5'-40-43-3' 5'-27-30-3' Всего 4 пары |
предсказано 0 пар | предсказано 3 пар из 4 реальных |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 18 | 4 | 17 |
Для einverted с третьей попытки был установлен порог выравнивания 10, и получен наилучший результат, который, однако, смог предсказать только T-стебель. Алгоритм Зукера оказался гораздо эффективнее и с первой попытки довольно точно предсказал структуру тРНК
Изображение, полученное при помощи алгоритма Зукера
Апплет JMol со скриптом для упражнения 1. Скрипт 2 - скрипт для подсчета контактов.
При помощи скрипта был произведен подсчет ДНК-белковых контактов в комплексе. Подваляющее большинство контактов - с остовом ДНК, при этом беольше половины из них - неполярные контакты с атомами рибозы.
Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1i3j.pdb
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 12 | 70 | 82 |
| остатками фосфорной кислоты | 21 | 27 | 48 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 16 | 16 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 9 | 10 | 19 |
Больше всего контактов(4) у аргенина 168 и аспаргинин 175. Наиболее важный остаток - Гистидин 182.
ARG168 и его контакты (выделенны голубым)
ASN175 и его контакты (выделенны голубым)
HIS182 и его контакты (выделенны зеленым)