Навигация по сайту
На Главную 1 семестр 2 семестр 3 семестр Здесь будут другие семестры Обо мне Официальный сайт ФББ МГУ
В качестве исследуемого организма был выбран Hypsibius dujardini, представитель такснона Tardigrada или тихоходки. Тихоходки - маленькие (около 350 мкм) безпозвоночные линяющие животные, близкие к членистоногим. Известны своей устойчивостью к экстремальным условиям.
Для данного организма присутствовало три сборки, далее характеристика самой полной - ASM145500v1
Общая длина | 252,536,194 |
Число скэффолдов | 22,496 |
N50 скэфофолдов | 15,907 |
L50 скэффолда | 4,078 |
Число контигов | 22,971 |
N50 контигов | 15,542 |
L50 контигов | 4,198 |
Ссылка на публикацию | ССылка |
Ссылка на контиг | ССылка |
Key | Значение | Пример | |
1 | CDS | кодирующий участок последовательности | CDS 109..717 /gene="sod" /EC_number="1.15.1.1" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="superoxide dismutase" /db_xref="GOA:P28763" /db_xref="HSSP:P00448" /db_xref="InterPro:IPR001189" /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P28763" /protein_id="CAA45406.1" /translation="MTYELPKLPYTYDALEPNFDKETMEIHYTKHHNIYVTKLNEAVS GHAELASKPGEELVANLDSVPEEIRGAVRNHGGGHANHTLFWSSLSPNGGGAPTGNLK AAIESEFGTFDEFKEKFNAAAAARFGSGWAWLVVNNGKLEIVSTANQDSPLSEGKTPV LGLDVWEHAYYLKFQNRRPEYIDTFWNVINWDERNKRFDAAK" |
2 | centromere | участок, идентифицированный как центромера и эксперементально подтвержденный | centromere <1..>297 |
3 | source | источник полученной информации: организм и тип моллекулы | source 1..756 /organism="Listeria ivanovii" /strain="ATCC 19119" /db_xref="taxon:1638" /mol_type="genomic DNA" |
4 | gene | регион, распознаный как ген и имеющий имя | gene 95..746 /gene="sod" |
5 | regulatory | регион, участвующий в регуляции транскрипции, трансляции, репликации или структуры хрооматина | regulatory 95..100 /gene="sod" /regulatory_class="ribosome_binding_site" |
6 | gap | гэп в последовательности | gap 50..231 /estimated_length=182 |
7 | mRNA | мРНК | mRNA join(20809..20916,21256..21366,21442..21543,22053..22154, 24910..25025,25525..25603,25677..25847,26244..26333) /locus_tag="DCAR_000504" /product="hypothetical protein" |
Для описания был выбран проект 1001 Genomes. Целью проекта стало создание базы из геномов как минимум 1001 штамма Arabidopsis thaliana, резуховидки Таля, и их анализ. Проэкт был запущен в 2008 году на базе Max Planck Institute for Developmental Biology, Tübingen, Germany. В 2016 году было собранно и проанализированно 1135 геномов.
Страница проекта Последняя публикацияПоиск производился в ENA, текст запроса: "tax_tree(33634) AND mol_type="genomic DNA" AND topology="CIRCULAR" AND organelle="mitochondrion"". В Update находок не было, в Release - 107 находок. Был выбран организм Porphyra purpurea, AC:AF114794.