Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive
bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step.

Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those
outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and
inter-strand overlap is designated according to the following diagram:

                    i2  3'      5' j2
                       /|\      |
                        |       |
               Strand I |       | II
                        |       |
                        |       |
                        |      \|/
                    i1  5'      3' j1

     step      i1-i2        i1-j2        j1-i2        j1-j2        sum
   1 GG/CC  3.88( 2.64)  0.00( 0.00)  0.05( 0.00)  0.57( 0.02)  4.50( 2.66)
   2 GA/UC  5.04( 3.03)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.08( 0.00)  5.12( 3.03)
   3 AG/CU  1.42( 1.41)  0.00( 0.00)  1.21( 0.00)  0.00( 0.00)  2.63( 1.41)
   4 GG/UC  1.59( 0.26)  0.00( 0.00)  1.10( 0.00)  0.00( 0.00)  2.69( 0.26)
   5 GC/GU  6.56( 3.49)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  6.55( 3.64) 13.11( 7.12)
   6 CU/AG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.38( 0.00)  3.82( 3.26)  4.20( 3.26)
   7 UG/CA  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.80( 3.05)  0.00( 0.00)  4.80( 3.05)
   8 GG/CC  5.09( 2.72)  0.00( 0.00)  0.74( 0.00)  0.00( 0.00)  5.83( 2.72)
   9 Gt/GC  7.60( 2.39)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.65( 2.63) 13.24( 5.01)
  10 tP/GG  7.22( 2.93)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  6.02( 3.11) 13.24( 6.04)
  11 PA/UG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)
  12 AC/GU  3.07( 1.61)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  7.18( 4.20) 10.25( 5.81)
  13 CG/CG  0.52( 0.00)  0.00( 0.00)  2.89( 0.58)  1.19( 0.19)  4.59( 0.77)
  14 GA/UC  4.54( 3.06)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  1.33( 0.11)  5.87( 3.17)
  15 AG/CU  2.91( 2.55)  0.00( 0.00)  0.58( 0.00)  0.00( 0.00)  3.50( 2.55)
  16 GG/CC  3.57( 1.78)  0.00( 0.00)  1.11( 0.00)  0.00( 0.00)  4.68( 1.78)
  17 GG/AC  1.05( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  2.78( 1.53)  3.82( 1.53)
  18 GG/CA  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.05( 0.00)  0.75( 0.24)  0.80( 0.24)
  19 GC/GC  4.70( 1.85)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  7.21( 4.46) 11.91( 6.31)
  20 CG/CG  0.38( 0.00)  0.00( 0.00)  4.44( 1.72)  0.00( 0.00)  4.83( 1.72)
  21 GC/GC  6.58( 2.45)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.40( 0.98)  9.98( 3.44)
  22 CA/UG  0.00( 0.00)  1.35( 0.00)  4.78( 1.78)  0.00( 0.00)  6.13( 1.78)
  23 AG/CU  3.84( 1.22)  0.00( 0.00)  0.02( 0.00)  0.00( 0.00)  3.86( 1.22)
  24 GG/CC  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)