Нуклеотидные базы данных
В данном практикуме мы выпосняли 4 упражнения, ответы на которые содержатся в гуглдоках.
Задания:
- Определить таксономию и функцию прочтенной вами нуклеотидной последовательности (из практ. 6)
- Сравнить списки находок нуклеотидной последовательности 3-я разными алгоритмами blast
- Проверить наличие гомологов трех белков в геноме одного организмов
- Найти один ген белка, закодированный в одном скэффолде ''Amoeboaphelidium protococcarum''
Ниже представлены скриншоты находок с помощью трех разных алгоритмов нуклеотидного blast.
Рисунок 1. Результаты поиска с помощью Blastn
Рисунок 2. Результаты поиска с помощью Discontiguous megablast
Рисунок 3. Результаты поиска с помощью Megablast
Далее предствалены ссылки на выдачу программы tblast при поиске гомологов следующих белков:
HSP7C_HUMAN, CISY_HUMAN, EIF3G_SCHPO