Поиск гомологов некодирующей нуклеотидной последовательности

Таблица 1. Выбор тРНК

 Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка PYRB_ECOLI P(пролин)
 Соответствующий кодон в гене pyrB 5'-CCG-3'
 Идеальный антикодон 5'-CGG-3'
 Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка X
(если опираться на генетический код)?		  4
 Сколько тРНК для остатка Pro аннотировано в геноме кишечной палочки?  3
 Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
 название гена  proK
 координаты гена в записи EMBL  complement(3706639..3706715)
 антикодон  не указан. 

Для поиска пролиновых тРНК была использована команда: grep "anticodon.*Pro" ecoli.embl >search

Полученные строчки:
FT                   /anticodon=(pos:2284267..2284269,aa:Pro)
FT                   /anticodon=(pos:3706679..3706681,aa:Pro)
FT                   /anticodon=(pos:3980792..3980794,aa:Pro)

Я выбрала ту РНК,которая показалась мне наиболееподходящей по кодону. Но,в ней не был указан антикодон. 

FT   gene            complement(3706639..3706715)
FT                   /gene="proK"
FT                   /locus_tag="b3545"
FT                   /note="synonyms: proV, ECK3532, JWR0080"
FT   tRNA            complement(3706639..3706715)
FT                   /gene="proK"
FT                   /locus_tag="b3545"
FT                   /product="tRNA-Pro"
FT                   /anticodon=(pos:3706679..3706681,aa:Pro)
FT                   /note="codon recognized: CCG; proline tRNA1; go_component:
FT                   cytoplasm [goid 0005737]; go_process: tRNA metabolism [goid
FT                   0006399]"

Поиск гомологичных тРНК в геноме архебактерии

Список команд, использованных для выполнения задания:
 seqret ecoli.embl -sask # 

formatdb -i ss_genome.fasta -p F -n ss

blastall -p blastn -d ss -i trna.fasta -o blastn

megablast -d ss -i trna.fasta -o megablast -W 14   (Если использовать значение W=28 (по умолчанию) находок не будет)

fasta35 trna.fasta ss_genome.fasta   

Discontigous MegaBLAST: не было ни одной находки, ни с одним из изменений параметров,возможных по подсказке.
     
    
Таблица 2. Поиск в геноме Sulfolobus solfataricus  последовательностей,сходных с пролиновой тРНК E.coli



  

    
 
      Программа
      FastA
      BLASTN
      MegaBLAST

      Discontigous
MegaBLAST		
    

    
 
      Число находок с Е-value < 0,001
       0
       0
       0

       
    

    
 
      Характеристика лучшей находки:
    

    
 
       
      E-value находки 
       0.011

       0.038
       0.038
       
    

    
 
        
      Номер сектора генома
       -

       5
       5
       
    

    
 
        
      AC соответствующей записи EMBL 
       AE006662

       AE006646
       AE006646
       
    

    
 
        
      координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL
       2625-2680

       7774-7793
       7774-7793
       
    

    
 
      Аннотация лучшей находки по EMBL

          (не аннотирована, аннотирована как тоже 
<пролиновая>
          тРНК, как другая тРНК etc.)		

       - (указан только продукт: tRNA-Ala
       продукт tRNA-Asn
       продукт tRNA-Asn
       
    

  


Ни одна из предложенных программ не нашла гомолога пролиновой тРНК в геноме Sulfolobus solfataricus.
Тем не менее, лучше всех справилась с задачей FastA. Наилучшее E-Value, хотя все равно  велико.
Исходя из полученных результатов, можно сделать вывод, что ни одна из предложенных программ 
(BLASTN, MegaBLAST, discontiguous MegaBlast, fastA) не предназначена для поиска
 близких гомологов нуклеотидных последовательностей.  






вернуться на главную 


©Пономарева Ольга