Семестр 1, практикум 6
Назад на учебную страницу Птицыной ЕленыОписание бета-субъединицы НАДФ-зависимой трансгидрогеназы из генома бактерии Rhodospirillum rubrum ATCC 11170.
На этом практикуме мы научились получать информацию об интересующем нас белке и о его гене.
Основная информация о белке
На этой странице приведена информация о бета-субъединице НАДФ-зависимой трансгидроненазы, белка пурпурной бактерии Rhodospirillum rubrum ATCC 11170. Основные данные были получены из базы NCBI.
| Идентификатор белка | ABC22981.1 |
|---|---|
| Идентификатор генома | CP000230.1 |
| Название белка | NAD(P) transhydrogenase subunit beta, EC 1.6.1.2 |
| Координаты гена в геноме | 2532856..2534250 |
| Длина гена (п.н.) | 1395 |
| Цепь | обратная |
| Длина белка (а.о.) | 464 |
Данные в таблице были получены так: мы зашли в базу, выбрали тип данных "Protein", сделали поиск по идентификатору белка, перешли по ссылке DBSOURCE, скачали файл с нуклетидной записью. Последовательность белка была найдена в файле с нуклеотидной записью. Параметры файла с последовательностью белка: кодировка файла - ASCII, кодировка концов строк - Unix, последовательность приведена большими латинскими буквами в колонку по 60 символов.
Скачать: последовательность белка ABC22981.1 Rhodospirillum rubrum ATCC 11170
Бета-субъединица НАДФ-зависимой трансгидрогеназы способна связывать НАДФ и играет важнейшую роль в НАДФ-трангидрогеназной активности целого белка НАДФ-зависимая трансгидрогеназа. Она заключается в переносе гидрид-иона в обратимой реакции НАДН + НАДФ = НАД + НАДФН.
Геномное окружение
Далее мы снова зашли в базу, выбрали тип данных "Nucleotide", сделали поиск по идентификатору фрагмента генома с геном нашего белка, сохранили общий вид геномного окружения гена нашего белка, включив режим просмотра рамок считывания. На рисунке 1 приведено геномное окружение гена NAD(P) transhydrogenase subunit beta, EC 1.6.1.2. Ближайший его сосед - ген белка ABC22982.1, то есть NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific).
НАДФ-трансгидрогеназы - очень распространенные среди живых организмов ферменты. Интересно исследовать эволюцию НАДФ-трансгидрогеназ.
База данных NCBI - удобный ресурс для быстрого поиска разнообразной информации, нужной в биологических исследованиях.