Семестр 1, практикум 3
Назад на учебную страницу Птицыной ЕленыОписание Вируса верхушечных розеток Абаки.
В первом семестре мы начали знакомиться с биоинформатикой, компьютером и некоторыми программами (в т.ч. Far-менеджером).На этом практикуме мы научились получать информацию о геноме интересующего нас организма.
Если связаться с сервером NCBI через Far, можно получить много информации о каком-либо организме. Например, можно скачать и потом анализировать файлы: файлы с расширениями .gbk (фрагменты генома в формате genebank), файлы с расширениями .ffn (те же фрагменты - в формате .fasta), файлы с расширениями .faa (последовательности белков, закодированных в геноме).
Вот, например, первый вирус в списке на 27.09.2018.
Основная информация о вирусе
| Название вируса (англ.) | abaka_bunchy_top_virus_uid28697 |
|---|---|
| Название вируса (рус.) | Вирус верхушечных розеток Абаки |
| Тип носителя генома | ДНК¬ двухцепочечная, кольцевые фрагменты |
| Число фрагментов | 6 |
| Длина генома (число букв) | 6422(6422=1090+1057+1087+1074+1015+1099) |
| Число белков: | 5 (1) putative nuclear shuttle protein 2) putative coat protein 3) putative movement protein 4) putative cell-cycle link protein 5) putative replicase protein) |
| Дополнительная интересная информация | Относится к семейству Nanoviridae, роду Babuvirus [1]. Охарактеризован в 2008 году. Выделен из Musa textilis* (Филиппины) и Musa sp.(Малайзия) [2]. Вызывает опасную болезнь растения (симптомы: задержка роста, складывание листьев, хлороз краев листьев и др.) [3]. *Абака, или Банан текстильный, используемый для получения волокна «манильская пленка» (очень хорошее сырье для корабельных канатов) [4]. |
Источники:
1. https://www.genome.jp/virushostdb/438782
2. Sharman M. et al. Abaca bunchy top virus, a new member of the genus Babuvirus (family Nanoviridae) //Archives of virology. – 2008. – Т® 153. – №. 1. – С® 135-147.
3. Ocfemia G. O. Bunchy top of abaca or manila hemp i. A study of the cause of the disease and its method of transmission //American Journal of Botany. – 1930. – Т® 17. – №. 1. – С® 1-18.
4. http://www.ecosystema.ru/07referats/cultrast/065.htm