Семестр 2, практикум 10
Назад на учебную страницу Птицыной ЕленыВыравнивание
На этом практикуме мы знакомились с выравниванием с помощью пакета EMBOSS и пользовались программой Jalview для визуализации результата.
Описание
Сначала мы посмотрели запись банка NCBI в fasta-формате о геноме нашей бактерии, откуда получили информацию о координатах гена нашего белка и о том, какой цепью он кодируется (в нашем случае - обратной). Далее мы скачали геном с нуклеотидной последовательностью, с помощью команды seqret извлекли из него кодирующую нуклеотидную последовательность гена нашего белка, обратили ее и транслировали (чтобы проверить, правильно ли мы применили команду seqret и получили то, что надо). Далее мы скопировали обращенную последовательность в новый файл, присвоили ему номер x, вручную внесли мутацию с условным номером x, транслировали и выполнили выравнивание с помощью команды needle. Полученный файл просмотрели в Jalview и сделали иллюстрации (см.таблицу). Те же действия были повторены для нескольких варинатов мутаций и внесены в таблицу.
Команды, нужные для получения информации в таблице
Начало
seqret sequence.fna[2532856:2534250] CDS.fasta
revseq CDS.fasta CDS-revseq.fasta
transeq CDS-revseq.fasta translated.fasta
Для каждой мутации (на примере первой)
cp CDS-revseq.fasta mutatedCDS-revseq-1.fasta
transeq mutatedCDS-revseq-1.fasta translated-1.fasta
needle -aformat msf ABC22981.1_pr5.fasta translated-6.fasta alignment-6.fasta
Таблица
Jalview - удобная программа. Официальный сайт с возможностью установки можно посмотреть здесь.