Семестр 2, практикум 13
Назад на учебную страницу Птицыной ЕленыМножественные выравнивания
На этом практикуме мы знакомились с сервисом Pfam и искали блоки в множественном выравнивании, открытом в программе Jalview. Pfam - база данных белковых доменов, основанная в 1997 году исследователями из Института Сенгера, имеющая 2 категории семейств, содержимое которых не перекрывается. Это Pfam-A (с семействами, курируемыми вручную) и Pfam-B (с автоматически генерируемыми семействами).
Подбор множественного выравнивания
В базе данных Pfam был выполнен поиск по нашему белку Q2RSB4. Был найден 1 домен PNTB (NAD(P) transhydrogenase beta subunit). Мы перешли по ссылке на этот домен, в пункте Format an alignment выбрали параметры (Таблица 1) и загрузили выравнивание 329 последовательностей.
Таблица 1. Заполнение окошек Format an alignment
| Параметр | Пример заполнения окошка |
| Alignment | Seed |
| Format | FASTA |
| Order | Tree |
| Sequence | All upper case |
| Gaps | Gaps as "-" (dashes) |
| Download/view | Download |
Seed - это та выборка последовательностей, по которой строился HMM-профиль – математическое описание выравнивания, позволяющее искать похожие домены в новых последовательностях.
Поиск блоков
Перечисленные на странице курса действия были выполнены для наших последовательностей, в результате осталось 8 последовательностей. Было выделено 4 блока: 380-391, 411-429, 456-465, 471-477 аминокислотные остатки (скачать проект ).
Возможно, наши белки гомологичны: наши блоки (с абсолютно консервативными позициями!) расположены достаточно близко.
Вы можете перейти на страницу базы данных Pfam по ссылке.