Семестр 2, практикум 5
Назад на учебную страницу Птицыной ЕленыЗнакомство с Uniprot
На этом практикуме мы знакомились с Uniprot. Uniprot - открытый банк данных о белках с последовательностями и аннотациями. Консорциум UniProt (Европейский Институт Биоинформатики (EBI), Швейцарский Институт Биоинформатики (SIB) и Белковый Информационный Ресурс (PIR)) существует с 2003 года. UniProt изначально является объединением баз данных Swiss-Prot, TrEMBL и PIR — PSD.
В записи о белке в формате Uniprot есть много информации, расположенной по полям с определенными названиями (ID – идентификатор, AC – номер доступа, DE – краткое описание белка, и т.д.). Некоторая информация, которую можно получить о нашем белке из записи, представлена в Таблице 1.
| UniProt ID | UniProt AC | RefSeq ID | PDB ID | Длина белка (а.о.) | Молекулярная масса (Да) | Рекомендуемое название |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PNTB_RHORT | Q2RSB4; Q59763; Q59765 | WP_011390030.1; YP_427268.1 | 1E3T, 1HZZ, 1NM5, 1PNO, 1PNQ, 1PTJ, 1U28, 1U2D, 1U2G, 1XLT | 464 | 47808 | NAD(P) transhydrogenase subunit beta |
Комментарий к таблице 1. Цепь одна. Имеется 6 трансмембранных участков со спиральной вторичной структурой. Спиральные элементы есть и в других участках цепи.
Поиск белка PNTB_RHORT в UniRef
Мы ввели UniProt ID белка в поисковую строку UniProt и выбрали поиск по разделу UniRef. Полученная информация представлена в Таблице 2.
| Раздел UniRef | ID кластера | Название кластера | Размер кластера |
|---|---|---|---|
| UniRef100 | UniRef100_Q2RSB4 | Cluster: NAD(P) transhydrogenase subunit beta | 4 |
| UniRef90 | UniRef90_Q2RSB4 | Cluster: NAD(P) transhydrogenase subunit beta | 4 |
| UniRef50 | UniRef50_Q2RSB4 | Cluster: NAD(P) transhydrogenase subunit beta | 5,901 |
Комментарий к таблице 2. UniRef100 и UniRef90 включают формы белка у различных штаммов Rhodospirillum rubrum, а UniRef50, к тому же, формы у Acidiferrobacteraceae bacteriummine drainage metagenome, Thiomonas sp. X19, Thiomonas delicata (Thiomonas cuprina), Sphingobium sp., Sphingobium sp. SCG-1, Candidatus Nucleicultrix amoebiphila FS5, Paucibacter sp. KCTC 42545.
Cеансы поиска в UniProt
Для знакомства с синтаксисом запросов в UniProt были проведены следующие сеансы поиска.
Поиск бета-субъединицы НАДФзависимой трансгидрогеназы
-
Поиск по рекомендованному названию
Текст запроса: name:"nad p transhydrogenase subunit beta"
Количество находок в Swiss-Prot: 7
Общее количество находок: 13253
-
Поиск по тому же названию среди белков нашего организма
Текст запроса: name:"nad p transhydrogenase subunit beta" organism:"rhodospirillum rubrum"
Количество находок в Swiss-Prot: 2
Общее количество находок: 2
-
Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же семейства
Текст запроса: name:"nad p transhydrogenase subunit beta" taxonomy:"rhodospirillaceae"
Количество находок Swiss-Prot: 2
Общее количество находок: 197
-
Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же отдела
Текст запроса: name:"nad p transhydrogenase subunit beta" taxonomy:"rhodospirillaceae"
Количество находок Swiss-Prot: 7
Общее количество находок: 9217
Поиск гистонов (histone)
-
Поиск гистонов без ограничения на организмы
Текст запроса : name:"histone"
Количество находок в Swiss-Prot: 2082
Общее количество находок: 154745
-
Поиск среди зеленых растений
Текст запроса: name:"histone" taxonomy:"viridiplantae"
Количество находок в Swiss-Prot: 332
Общее количество находок: 15393
-
Поиск среди бурых водорослей
Текст запроса: name:"histone" taxonomy:"phaeophyceae"
Количество находок в Swiss-Prot: 0
Общее количество находок: 37
-
Поиск среди позвоночных животных
Текст запроса: name:"histone" taxonomy:"vertebrata"
Количество находок в Swiss-Prot: 717
Общее количество находок: 26350
Поиск трипсинов
-
Поиск по слову "трипсин"
Текст запроса: name:"trypsin"
Количество находок в Swiss-Prot: 312
Общее количество находок: 23018
-
Поиск трипсинов, исключая их ингибиторы
Текст запроса: name:"trypsin" NOT name:"inhibitor"
Количество находок в Swiss-Prot:: 101
Общее количество находок: 18270
Бета-субъединица НАДФ-зависимой трансгидрогеназы способна связывать НАДФ и играет важнейшую роль в НАДФ-трангидрогеназной активности целого белка НАДФ-зависимая трансгидрогеназа. Она заключается в переносе гидрид-иона в обратимой реакции НАДН + НАДФ = НАД + НАДФН. Эта реакция очень распространена, поэтому мы находим много записей о нахождении субъединицы белка как в организмах Бурых водорослей, так и в организмах Позвоночных.
Uniprot - удобный ресурс для поиска информации о белке.