Семестр 4, практикум

Практикум 7

Данные

Выравнивание десятка контекстов ATG для десятка белков Danio rerio из статьи Grzegorski et al., PLoS ONE 9(9): e108475, 2014

GC-содержание для генома Danio rerio

IC (информационное содержание)

Были выполнены действия:

1) Посчитано количество нуклеотидов A, T, G, C в каждой колонке выравнивания.

2) Посчитаны доли нуклеотидов в каждой колонке выравнивания.

3) Посчитаны IC по формуле IC(b, j) = f(b,j) * log2(f(b,j)/p(b)), где p(b) были вычислены из gc-содержения.

4) Суммарное IC = сумме IC каждой колонки = 11,3798301540492

LOGO

Для построения LOGO был использован http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi (Рис. 1).

Рисунок 1. LOGO для выравнивания