Семестр 4, практикум 11
Назад на учебную страницу Птицыной ЕленыПрактикум 12: KEGG
Путь
В практикуме 12 с помощью базы KEGG был рассмотрен метаболический путь map00500 . Он был найден по этому ID. Путь называется Starch and sucrose metabolism (метаболизм крахмала и сахарозы) (Рис.1).
Реакция из пути
Посмотрим подробнее на реакцию расщепления декстрана до изомальтозы.
Чтобы выделить её на карте цветом, была нажата кнопка "User data mapping", открылось окно, туда было введено ID реакции R11309 и далее через пробел слово "red" (Рис. 2).
Декcтран представляет из себя ветвящийся полимер глюкозы, главная цепь его состоит из молекул, соединённых альфа-1,6-связью, а боковые ветви присоединены связями альфа-1,3. Расщепление цепи декстрана по альфа-1,6-связям до димерных молекул (изомальтозы) осуществляет фермент 6-alpha-D-glucan 6-glucanohydrolase, иначе говоря endodextranase (Рис.3). Этот фермент имеет номер EC 3.2.1.11.
Что означает эта кодировка (Табл. 1)?
| Класс | Номер одного из 7 главных классов ферментов. | 3 | Гидролаза, |
| Подкласс | Номер, характеризующий субстрат. | 2 | расщепляющая гликозидные связи, |
| Под-подкласс | Номер, определяющий принадлежность фермента к группе ферментов, катализируемые которыми реакции особо отличаются природой химических соединений доноров и акцепторов. | 1 | а именно o- и s- |
| Код четвёртого уровня | Порядковый номер фермента. | 11 | в молекуле декстрана, чтобы расщепить его до изомальтозы |
Путь в конкретных организмах
Поскольку приведённый выше путь - референсный, интересно посмотреть, как выглядит метаболический путь крахмала и сахарозы у других организмов - например, у Gallus gallus (Рис. 4) и Zea mays (Рис. 5).
Сравним число генов и число метаболический путей, занесённых в KEGG, у этих организмов.
| Organism | gallus gallus | zea mays |
| Number of protein genes | 17478 | 37374 |
| Number of rna genes | 1109 | 1340 |
| Number of all genes | 18587 | 38714 |
| Number of pathways | 169 | 137 |
