Описание белка

3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase ( синтаза 3-дезокси-D-манно-октулозоновой кислоты-8-фосфата, KdsA) – фермент, катализирующий синез 3-дезокси-D-манно-октулозоновой кислоты-8-фосфата из арабинозы-5-фосфата и фосфоенолпирувата. В таблице 1 приведены данные о белке, в частности, его длина, положение в геноме и код доступа в записи RefSeq.

Таблица 1. Информация о синтазе 3-дезокси-D-манно-октулозоновой кислоты-8-фосфата из организма Leptospirillum ferriphilum (идентификатор белка в базе данныхRefSeq NP_006767025.1).

Вид информации	Квалификатор в записи генома	Значение
Локус гена в геноме	/locus_tag	LFML04_1865
Имя гена	/gene	Без имени
Идентификатор гена в базе Gene	/db_xref="GeneID ...	13687940
Начало гена в геноме	̶	1768222
Конец гена в геноме	̶	1769091
На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная)	̶	Обратная
Длина гена (в парах нуклеотидов)	̶	870
Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein	/protein_id	YP_006767025.1
Длина белка (в аминокислотных остатках)	̶	290

Рис.1. Изображение гена белка KdsA бактерии Leptospirillum ferriphillum

Ген белка KdsA и его ближайшие соседи кодируются на обратной цепи (направление:-1).
Ген белка KdsA перекрывается с соседями (CTP synthase с 3'-конца и sugar phosphate isomerase с 5'-конца) на 3 нуклеотида; рамки считывания обоих соседей +2.
Ближайшие гены на комплементарной цепи находятся на расстоянии 8 генов с 5'-конца и на расстоянии 5 генов - с 3'-конца.
В один оперон, вероятнее всего, входят 6 генов, включая ген белка KdsA (один с 5'-конца и четыре с 3'-конца). Это можно предположить, исходя из их названий - все они кодируют белки, катализирующие реакции модификации сахаров.