Практикум 12 |
|
| На страницу 2 семестра | |
| Ссылка на Psi-blast, задание 1 | |
| Ссылка на Psi-blast, задание 2 | |
Задание 1 Psi-blast выполнялся по банку SwissProt. Уже на второй итерации не было найдено новых последовательностей: и на первой, и на второй итерациях было найдено 240 последовательностей.E-value лучшей находки составил 1e-107, а худшей - 9e-29. | |
Задание 3 Выравнивание всех найденнфх последовательностей представлено в этом файле.Итог работы программы muscle представлен здесь. Была использована команда muscle -in all.fasta -out all_align.fasta. | |
Задание 4 Были вручную отобраны 18 последовательностей (практически все последовательности удовлетворяли требованиям задания). Множественное выравнивание здесь. | |
Задание 5 Было построено множественное выравнивание с помощью команды mafft. | |
Задание 6 Выравнивания из Задания 4 и Задания 5 были выровнены с помощью программы muscle. Строка разметки называется match, совпадающие группы отмечены "+". Выравнивания очень похожи: минимум гэпов, проставленных с целью выравнивания выравниваний.Выравнивания практически идентичны в относительно консервативных местах. В более спорных местах встречаются расхождения, касающиеся небольшого числа последовательностейвыравнивание | |
| Проект Jalview со всеми выравниваниями из этого практикума. Окна называются соответственно заданиям. | |
| © Елена Очередько,2014. | |