Практикум 13
Задание 1.
Последовательности моего белка в Pfam не нашлось, поэтому все задания были проделаны с белком Q0BTX5 (2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase, организм Granulibacter bethesdensis) - лучшая находка по Swiss-Prot из 11 практикума.
Был найден единственный домен: DAHP_synth_1 (DAHP синтаза, ответственная за синтез аланина, тирозина и триптофана; первый фермент шикиматного пути) (см. Рисунок 1).
Рисунок 1. домены Pfam в последовательности белка Q0BTX5.
В проекте Jalview (в конце страницы) представлено выравнивание seed'а последовательностей. Окно называется task1.fasta, раскраска ClustalX. Блоки отмечены "+", блок, использующийся в Задании 2 и 4 - "1".
Задание 2.
Консенсусная последовательность - VMIDxSH. Для нахождения консенсусной последовательности использовалась программа cons на сервере http://emboss.bioinformatics.nl/.
LOGO блока был получен с помощью сервиса http://weblogo.berkeley.edu/:
Рисунок 2. LOGO блока выравнивания.
Задание 4.
Использовался тот же блок, что и в Задании 2.
Для поиска был использован сервис http://prosite.expasy.org/scanprosite/.
Сильный паттерн имел следующую структуру: [ILV]-[MVFI]-[IVFA]-D-[CYAFGPVI]-[ST]-H. В базе данных Swiss Prot было найдено 533 последовательности. Больше всего нашлос лиаз (в частности, альдолазы (что неудивительно); в наибольшем количестве присутствовала фруктозо-бифосфат альдолаза). Также нашлись лигазы и днк-репарирующие белки.
Слабый паттерн имел структуру [ILV]-[MVFIA](2)-D-x-[ST]-H. Поиск также проводился по базе данных Swiss Prot, было найдено 1353 последовательности. Среди них часто встречались альдолазы, карбоксидазы, трансферазы, редуктазы и даже ДНК-полимераза.
Нужно отметить, что в последовательностях, соответствующим сходным белкам (например, ферментам одного класса), паттерн находился в строго определённом участке. Поиск по сильному паттерну выделил исключительно ферменты, чья функция - образовывать либо разрушать углерод-углеродные связи. В связи с этим можно предположить, что участок, по которому производился поиск, ответственен именно за эту функцию. Поиск по слабому паттерну несколько расширил список: теперь в нём оказались ферменты почти всех классов. В связи с этим затруднительно оценить роль, которую играет данный участок в белках.
Проект Jalview c выравниваниями из 13 практикума.