Задание 1

Данный скрипт показывает следующую картину: ДНК показана тёмно-синим цветом, атомы на расстоянии не менее 3.5 ангстрем от ДНК - шариками с раскраской по химическим элементам, аминокислоты, чьи атомы расположены на расстоянии не менее 5 ангстрем от ДНК - в проволочной модели с раскраской по химическим элементам. Между белком (HTH - type transcriptional regulator TtgV) и ассоциированной с ним ДНК было найдено 5 водородных связей. Вероятно, их малое количество можно объяснить тем, что регулятор транскрипции не должен быть слишком прочно соединён с нуклеиновой кислотой.

Задание 2

a. Для выполнения этого задания были выбраны два остатка глутаминовой кислоты ([GLU]100:A и [GLU]75:A) и один остаток лизина [LYS]142:A (здесь и далее аминокислотные остатки показаны в виде проволочной модели, а их альфа-атомы изображёны в виде шариков). Измерение расстояния между атомами было произведено с помощью выложенного на странице с домашним заданием скрипта.

b. В этом задании были выбраны следующие аминокислотные остатки: [GLU]161:A, [ILE]123:A и [ASN]61:A. Измерения были проведены с помощью того же скрипта.

c. Были выбраны наиболее удалённые от остова неводородные атомы названных ранее аминокислот и произведены рассчёты. На основании произведённых измерений можно сделать вывод о высокой подвижности белка. Причём наибольшей подвижностью обладают наиболее удалённые от остова белка атомы, входящие в спирали или тяжи, а наименьшей подвижностью - наибоее удалённые от остова атомы петель, не содержащих альфа-спиралей и бета-тяжей(причём их подвижность не особо отличается от подвижности CA - атомов).