Базы последовательностей белков

На главную

В этом задании исследуются существующие записи различных баз данных для белка KdsA бактерии Leptospirillum ferriphilum ML-04. Ниже представлено первое задание - Таблица 1, содержащая идентификаторы белка в различных базах данных.

Задание 1.Таблица 1. Идентификаторы белка KdsA бактерии Leptospirillum ferriphilum ML-04 в различных базах данных.

База данных	Идентификатор белка
NCBI Protein	YP_006767025.1; WP_014961570.1
RefSeq	NC_018649.1
UniProt (ID и AC)	J9ZBY4; J9ZBY4_LEPFM
UniRef50	UniRef50_Q8RE91

Задание 2. При сравнении последней (11) и первой записей (04.03.2015 и 28.11.2012 соответствено) Uniprot для белка KdsA штамма Leptospirillum Ferriphilum ML-04 были обнаружены следующие различия:

1) Сам идентификатор (J9ZBY4_9BACT в 2012 году и J9ZBY4_LEPFM в 2015 году);

2) В последней версии приведено больше названий данного белка; также появляется информация о месте локализации (цитоплазма), функциях (синтез углеводов, в частности, бактериальной клеточной стенки, а также катализ реакции Phosphoenolpyruvate + D-arabinose 5-phosphate + H(2)O = 2-dehydro-3-deoxy-D-octonate 8-phosphate + phosphate) и принадлежности к KdsA - семейству белков (см. Рисунок 1, Рисунок 2);

3) Добавлено 8 ссылок на данный белок в различных базах данных;

4) Добавлены ссылки на органеллу (цитоплазму), биохимический процесс (синтез KDO-8-phosphate) и функции 3-дезокси-8-фосфооктулонат-синтазы как непосредственно связанные с данным белком;

5) Добавлено 8 ссылок на гомологичные белки и белки со сходными функциями в различных базах данных;

6) Добавлены ссылки на достоверность источника информации в {} (см. Рисунок 1, Рисунок 2).

Рисунок 1. Сравнение названий белка в 2012 и 2015 годах

Рисунок 2. Сравнение описаний функций белка в 2012 и 2015 годах

Задание 3.
В этом задании сравнивались белки, найденный с помощью UniRef50 (то есть имеющие сходство с данным белком более 50 %).
Сравнение белков представлено в этой таблице. Нужно отметить, что функции структура белков из таблицы различаются незначительно (см.столбцы "Names", "Function", "Length", "Mass"). Все белки, чьи идентификаторы приведены в таблице, встречаются в типе Fusobacterium, что говорит о схожести местообитаний и образа жизни бактерий Leptospirillum и Fusobacterium. PDB-файлы для всех представленных белков отсутствуют. Особенностей у белков обнаружено не было (исключение - KdsA бактерии Aquifex aeolicus ).

Задание 4.
В базе данных UniProt представлены различные явления, связанные со структурой белка и его функциями, в частности, дисульфидные связи. В записи UniProt могут быть представлены вариации этого явления:

1) Внутрицепочечные дисульфидные связи (см. Рисунок 3);

2) Дисульфидные связи между цепями (см. Рисунок 4):

а) Связи между гомодимерами;

b) Связи между белками, образовавшимися из одного белка в результате протеолиза;

c) Связи между гетеродимерами.

Рисунок 3. Внутрицепочечные дисульфидные связи в белке Q43495 Solanum lycopersicum

Рисунок 4. Дисульфидные связи между димерами в белке P22029 Bothrops jararaca